DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
40741 Cc1ccc2c(c1)C1=CN[C@H]3C[C@H](C)C[C@@]1(C3)OC2=CCn1cccc(C)c1=O Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40742 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3ccccc3cn1)=NC1=C3NC(C(=O)O)=CC=C3CCN12 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40743 CCC1CC2C(CCC2OC2c3ccccc3C=C3CC(CNC(=O)C(C)=N)OC32C)O1 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40744 CCc1cc2ocnc2cc1C1=CC(OC)=CC2=C(CN3CCOCC3=O)CCN12 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40745 COc1ccc(-c2nc(-c3ccc(C)cc3O)nc3c2NCC3CC(=O)O)nc1OC Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40746 CCN1C(c2ccccc2)=C=C(Cc2cc3c(cn2)-c2ccccc2CC3)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40747 C/C1=C(\O)NCc2cccc(F)c2C2=C=C(Cc3ccc(-c4cc(C)ccc4O)cn3)c3cc(N)ccc3N2CC1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40748 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c4c(cccc4n1)CCC3)=C=C(c1ccccc1)N2CCC1=CN=C=C1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40749 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1ccc(-c3ccccc3)cn1)=C=C(c1ccccc1F)N2CCC1=CC=CC1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40750 Cc1ccc(C2=C3NC(Cc4nc5c(C)cccc5n(C)c4=O)c4cc(N)ccc4N3CC2)cc1O Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40751 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c(cn1)-c1ccccc1CC3)=C=C(c1ccccc1)N2CCC1=CN=C=C1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40752 Nc1ccc2c(c1)C(Cc1cc3c4c(cccc4n1)CCC3)=C=C(c1cccc(F)c1)N2CCO Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40753 CCC1CC(CO)C=C2C3OC(c4cccc(F)c4)CC4c5nc(-c6cc(O)ccc6O)cn5CC(C(=O)N21)N34 Pocket2Mol 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40754 Cc1ccc(O)c(-c2ccc(CC3=C=C4c5c(F)c(F)cc(F)c5CC/C=C\CCN4c4ccc(N)cc43)nc2)c1 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
40755 CCN1C(c2c(C)ccc(F)c2F)=C=C(Cc2cc3c(cn2)C2=CC(C(=O)O)=CC2CC3)c2cc(N)ccc21 Pocket2Mol 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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