DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
53131 O=C1CCN2C(=CC=C3C4=CNC(=O)C4C(NC4CC=CCC4)=NC32)N1 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53132 O=C1N=CC2C3=CC=C4NC5OC5CN4C3=NC(c3cccnc3)=C12 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53133 O=C1C=CN2C(=CC=C3C2=NC(c2cccnc2)=C2C(=O)N=CC32)N1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53134 CC1NC1C1C(N2C3CCCCC32)N=C(NC(=O)CO)C23CC2CNC(=O)C13 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53135 O=C1C=C(NC(CC2N=C3NC=CC=C3C3=CNC(=O)C32)N2C=C2)CCO1 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53136 NC(O)C(=O)NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53137 O=C1N=CC2C3=CC=C4NC(=O)C(=O)NN4C3=NC(C34[CH]N=CC=C3C4)=C12 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53138 C=C1OC1C(=O)NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53139 O=C1N=CC2C3=CC=C4NC(O)C5OC5N4C3=NC(c3cccnc3)=C12 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53140 CCCCCC SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53141 CNCC1CC=CN1C1=Nc2c(ccnc2OCC=O)C2C=CN3CC3=C12 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53142 CC1C2OC2NC2=CC=C3C(=NC(c4cccnc4)=C4C(=O)N=CC34)N21 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53143 O=C(NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1)C1CN1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53144 O=C(NC1=NC2=NC(C34[CH]N=CC=C3C4)C3C(=O)N=CC3C2C=C1)C1CO1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53145 NC1NC=CC2=C1C1=NC3C2=CC=CN3C(CO)OCC(O)CCNCCN1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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