DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
53146 CNC(O)C(=O)NC1=NC2=NC(C34[CH]N=CC=C3C4)C3C(=O)N=CC3C2C=C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53147 O=COC(=O)N1C2CC3=CN=NC4C=CC(=C34)C21 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53148 NC1C=CC2C(=NC3c4c2ccnc4CC2CC4(O)CC4N23)N1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53149 O=C(CNCCO)NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53150 NCC1CC=CN1C1=C2C=NC=CC2C2=CC=NN(CCO)C2=N1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53151 CC1=CC=C2C3=CNC(=O)C3C(N(C)CCCN3CCOCC3)N=C2N1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53152 CNCCC(N[C]1N=C2N=C(NCO)CC=C2C2=CNC(C)NC=C12)C1CO1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53153 CC1=CC=C2C3=CNC(=O)C3C(N(C)C3CCNC(CO)C3)N=C2N1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53154 Nc1ncc2c(c1CN1CCOCC1)C2 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53155 N=C(N)c1c2c(nc3c1=CC=NN3C1=CC=CC1)=CN=CC2 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53156 NC1=CCCN(C2N=C3N=CC=CC3C3=C2C(N)NC=C3)C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53157 O=C1N2C3=C(C=C4C=CC=CC142)OC1CC31 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53158 CNCCC1N=C2NC(C)=CC=C2C2=CNC(=O)C21 SBDD 5W2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53159 CC(=O)NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
53160 O=C1NC=C2C3=CC=C4NC(=O)C5OC5N4C3N=C(NC3CC=CCC3)C12 SBDD 5W2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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