Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
53191	O=C1N=CC2C3=CC=C4N=C(O)C5OC5N4C3=NC(c3cccnc3)=C12	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53192	CC1C2C(=O)NC(=O)C2=CC2OC21	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53193	O=C1N2C3=C(C=C4C=CC=CC142)NC1CC31	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53194	C1=CCC=C1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53195	O=C1NC=C2C3C=CC(NC4OC4C(O)CO)=NC3=NC(N3CCCC3)C12	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53196	NCCCC1N=C2N=C(NC3(O)CC3)CC=C2C2=CNC(=O)C21	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53197	NC1=CC=C2C3=CNC(=O)C3CN=C2N1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53198	CC(O)C(=O)NC1=N[C]2N=C(NC3CC=CCC3)C3C(=O)NC=C3C2C=C1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53199	CC1C2OC2NC2=CC=C3C(=NC(C45[CH]N=CC=C4C5)=C4C(=O)N=CC34)N21	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53200	O=C1CN1C1C=CC2C(=NCC3=C2CN=C3)N1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53201	O=C1N=CC2C3C=CC(NC4(O)CC4O)=NC3=NC(c3cccnc3)C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53202	NC1=C2C(N3CCOCC3)=Nc3c(ccnc3OCCO)C2C=CN1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53203	N=C(O)C(=O)NC1=NC2=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC3C2C=C1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53204	NC1CC2CC2N(C2=C3C=NC=CC3C3=CC=NN(CCO)C3=N2)C1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53205	NCCCC1CC=CN1C1=Nc2c(ccnc2OCC=O)C2C=CNC(N)=C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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