Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
53161	NN1CC=c2c(c(N3C4CCNCC43)nc3c2=CC=CN3CCO)C1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53162	O=C1C=CN2C(=CC=C3C2=NC(C24[CH]N=CC=C2C4)=C2C(=O)N=CC32)N1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53163	O=C1N=CC2C3=CC=C(N4CC4=O)NC3=NC(c3cccnc3)C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53164	CNC1CCOC(C2=C3C(=O)NC(=O)C3C3=CC=C4NC(=O)CCN4C3=N2)C1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53165	O=C1N=CC2C3C=CC(NC(O)C4CO4)=NC3=NC(c3cccnc3)C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53166	COC(CO)N1C=CC=c2c1nc(N(CCN)C1CC1)c1c2=CCNC1N	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53167	O=C1N=CC2C3=CC=C4NC(=O)C5NC5N4C3=NC(c3cccnc3)=C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53168	CN1CC2=C(C=N1)C1=CCCNC1=NC2	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53169	CNCC1CCCN1C1N=C2NC(=N)C=CC2c2ccncc21	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53170	NCCN(c1nc2c(c3c1C(N)NCC=3)=CC=CN2C(=O)C1CO1)C1CC1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53171	C1CC2CN2C1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53172	NC1NCC=c2c1c(N1C3CCNCC31)nc1c2=CC=CN1CCO	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53173	CC1=CC=C2C3=CNC(=O)C3C(N3CCCC3)N=C2N1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53174	ON1NCC2CC3NC3C3=CCC1C32	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53175	NCCCCCCN1C=CC(=O)CC1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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