Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
53206	CC1CC2NC2C2=CCC(NO)C21	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53207	O=C1NC=C2C3C=CC(NC4(O)CC4O)=N[C]3N=C(NC3CC=CCC3)C12	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53208	c1cc(-c2cncc3c2C3)ccn1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53209	O=C1N=CC2C3=CC=C4NC(=O)C5OC5N4C3=NC(c3cccnc3)=C12	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53210	N=C(N)C1C2=CC=CN(CCC3C=CC(CO)N3)C2=NC2=C1C=NNC(=O)N2	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53211	NCCCCCCN1C=CC(O)CC1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53212	O=C1CCN2C(=CC=C3C2=NC(c2cccnc2)=C2C(=O)N=CC32)N1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53213	CC1=CC=C2C(=NC(c3cccnc3)C3C(=O)N=CC23)N1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53214	CNN1CC=c2c(cnc3c2=CC=CN3CC2C3CCC(N)CN32)C1	SBDD	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53215	COC(=O)N1C2CC3=CN=NC4C=CC(=C34)C21	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53216	CNC=C[C@@H]1N=C2N=C(NC(C)=O)CC=C2C2=CNC(=O)[C@H]21	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53217	CC1C(=O)C(=O)NC2=CC=C3C(=NC(c4cccnc4)=C4C(=O)N=CC34)N21	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53218	C=C1NC=C2C3=CCC=NC3=NC3C2=C(CCN3CC2COC=CN2)N1	SBDD	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53219	OCc1ccccc1	SBDD	5NJZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
53220	c1ccccc1	SBDD	5NJZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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