DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66301 CCC1CC2CN=C3C1N(CC1=C/C(=C/C4=CCC(OC)=CC4C(O)CC(O)(NC4(O)CCCO4)C4CC2CCO4)CN=C1)CN3O TargetDiff 6G36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66302 O[C@@H]1C[C@@H]2[C@@H](CN2C=C[C@@H](O)C2=CC=CC3CNNC4=CC(C=NC4)C3=C2)N1 TargetDiff 6G36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66303 O=C1NC2=CC3=C(C=CC4ONC(/C=C\NC5CCC1C5)N=C34)C(O)=CC2 TargetDiff 6G36 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66304 C=C1CCC2=C1CC(=NC(=O)O)C2.CN1NCC2=C=C3C(O)=C=CCC=C=C3CCC[C@@H]21 TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66305 C1=CCC=CN=C1.OC1=CC2CC3CCCCCC3C2=CC1 TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66306 CC(=N)N=C1C=CC(C(=O)N[C@H](C)C(=O)O)=CC1 TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66307 CC(=O)N1CC2C(=O)c3c(C4C=CCC=C4)cccc3C21.CC(N)=O TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66308 CC1=NC(C)C2CC3C(CC2=N1)C1COC2CC(C(N)=O)CC3C21 TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66309 CC(O)CNC(C)C.CC1C=C2C=C3CC(F)=C(F)N=C3CC2=C(O)C(O)=C1O TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66310 O=C1OC(O)C(C2CC3=C(CC4=C(C3)CC(F)O4)N2C(=O)O)OCC1O TargetDiff 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66311 O=C1NC2CCC(c3cccc(O)c3)CCC2CC1F TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66312 Cc1ccc2c(n1)CC=C(CCCCNC(C)O)C=C2.O TargetDiff 6R1W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66313 CNC1C2=CC(C)C(C)=CCC2CC2CC3(O)C(=O)CCC3C21 TargetDiff 6R1W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66314 C1=C2CCCN2C2=NCNC2=N1 TargetDiff 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66315 CC1CC2CCC2CC2C1CC1CCC12 TargetDiff 5MGL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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