DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66256 CC(CCC(COCCCCCO)C1C=CC=CC=C1)CC1CCC(CN)C1 TargetDiff 5ISZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66257 CCCCCc1cc(OC)ccc1OC(C(O)C(C)CC1CCC1C(N)=O)C(C)(CO)C(O)CCO TargetDiff 5ISZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66258 CC(CCC1CCC1)C1CC(C2CCCOC2)N2CCC(CC3CCCCC(O)CC3)CCC12 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66259 Cc1cccc(N(Cc2cc3n(c(=N)n2)NC(=O)C3C(C)C)C(=O)C(O)CCCC(C)CCC(C)O)c1 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66260 CCC(=O)NC1CCNC1=CN=C1C#CCCC=C=C/C=C(F)\C(C(=S)OCCCO)=C\C(=O)CC(=O)N1 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66261 Cc1ccc(CC2CCC(C(=O)O)C2CCCCCO)c(OC(=O)C2(O)CC(O)C(CC3=C(O)CCC3)C(C(C)CC(C)(F)F)C2)c1 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66262 CCCc1cc(C(=O)OC)ccc1C(F)C(F)C1CN=C(Oc2cccc(Cl)n2)N1 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66263 COc1ccc(C(=O)N2CCC3C4=C(CC(NNc5cccnc5)=NC4C(=O)C2)CC3C)cc1O TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66264 COC1C(C)=NC(c2ccc3c(c2)nc(C)c2ccc(OCC(O)C(=O)O)cc23)OC1C TargetDiff 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66265 CCC1CC2=C(C1)C(O)C(C(CO)c1ccccc1CNc1cc(F)cc(OC)c1)=CC2 TargetDiff 6CN5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66266 CC(C)CCCC1=CC=CC(C2CC3C=CCC=C3C2CC2CSC3C4=CCC=CC4C(N)=CC23)C1 TargetDiff 6CN5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66267 OCc1cc(C2CCCC2)ccn1 TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66268 Oc1ccccc1C1C=CC(Cl)C=CC1O TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66269 N=C1/N=N\C(F)=C=c2c(C(O)c3ccccc3)ccc/c2=N/1 TargetDiff 6GNM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66270 CS([O])([O])C1C=CC2=NC(=N)NC3CCONCC1C23 TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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