Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66196	O=C1N/C2=N\C(CP(=O)(O)O)c3ccccc3OC(=O)N3C(COC(=O)C(C(=O)NCF)C(F)F)C(O)=CC1C23	TargetDiff	4ZME	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66197	CC(CO)NC(COC1=CCC=CC1)c1ccc(CO)cc1N1CCCC1	TargetDiff	4ZME	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66198	CC(CC1(O)CCCC1C(NC(N)=O)C1=CC2C(NCCN3CCCC3)=CCCN2C=C1)NC1CC2=NCC(COC(=O)c3ccnnc3)=CC2O1	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66199	CC1CN(C)C2=CC=CC3CC4COCN4CC(=C23)CN(C(=O)O)CC1=O	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66200	O=C1/N=C2\CC(CN2)c2cccc(c2)OCCC2=CN1CC1C=CC=CC=C21	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66201	O=C1C2=C3C(CC2=CCN1c1ccccc1)NC1=C(O)CCN13	TargetDiff	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66202	Cc1ccc2cc1N/C=N/NC(=S)/N=C1/C/C=C\NC3=C4CCCC4=CC(=CC3N1)C(=N)OC2	TargetDiff	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66203	OC1CCC(O)C2CCCC3CCC4=C(CC5C=CCC(F)=C5)C5=NCN(CC1)CC5C4C3C2	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66204	O=C[C@H]1c2cc(c3cnccc3n2)C(=O)OC(=CCC[C@@H]2C[C@H]3OCC[C@H]3N2)NCNCCc2ccc3c(c2)[C@@H]1C(=O)N3O	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66205	N=C1Nc2cnc3c4c5c(cc1c24)-c1ccc(F)cc1C(=O)C5C=NC3	TargetDiff	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66206	[O]S1([O])N=CC2CNC(C(=O)C3CCCC3NO)=C2c2cc(C(F)F)ccc21	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66207	COc1ccccc1CNC(=Nc1cccc(O)c1)[C@H]1CC(NC2=CC=NC3C2=CC=C[C@H]3F)=NN1	TargetDiff	5VD2	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66208	OCCC1(O)C2=CC=CCC2C(O)CC1(O)OC1CCC(O)C1O	TargetDiff	5M17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66209	COC1=CC(=C2NCCO[C@](OO)([C@H](O)CCO)CNC(=N)N2)CC=C1	TargetDiff	5M17	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66210	CC1=NC2C(O)CC3OC(CC3O)N2C(N2CCCC2)=N1	TargetDiff	5M17	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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