Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66241	NC(=O)CCC1C(=O)C2=C(CC=CC2)C2C3=C(CCCC12)c1ccncc1C3	TargetDiff	6C7X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66242	CC1=C2CCCNCC3C=Nc4c(S(N)([O])[O])ccc(C(=O)O)c4C3NCCC2CO1	TargetDiff	6C7X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66243	NS(N)(O)C=C[C@H](F)C(=C=C1CCC[C@@H]1C=O)C1C=CCC=C1F	TargetDiff	6C7X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66244	CC1=CC(CO)=C(C2=CCCC3CC(C)C(C=O)C23)C(O)C1C(=O)O.CCC(C)O	TargetDiff	6C7X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66245	O=C(NO)C1CC(=O)C2C(NO)=CC=CC12	TargetDiff	6C7X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66246	CCC.Cc1ccccc1C=C(C(=O)ONC=O)[C@@H](O)[C@H](C)[C@H](C)[C@H](O)C(=O)O	TargetDiff	6C7X	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66247	CC12C(=NC3Cc4ncncc4CC31)C1(CC=C(S(N)([O])[O])CC1C1C=CCC=C1)CC2(O)CO	TargetDiff	6C7X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66248	COC1=CCC(CCC2NC(O)(C(C)(C)CO)C(O)C(O)(C(=O)O)C2C)=CC1.c1ccccc1	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66249	CCC=C[C@@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](C)CC)CC=N[C@H]1[C@@H]1C[C@H](Cl)C[C@@H]1[C@@H](C)NC(C)(C)C.CS(O)(O)O	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66250	CCC1CC(Cl)=C(CCC(C)C)C1.CCC=CC(C)O	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66251	CCCN1NCCC(=O)CCOC(=CC(O)F)[C@@H]2CN(C(C)=O)C[C@@H]2[C@@H]1C[C@H](O)[C@@H](C)CC	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66252	C[C@H](NC(=O)[C@H]1NC(C(=O)O)C(=C2C=C(O)CC(O)=C2)CC(C)(C)O1)[C@@H](C)O	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66253	CC.CCC1NC2C3=C(CC(Cl)C3)C(CC)N(CO)C2C1C(=O)O	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66254	C1=CCCCCC1.COC(C)(C(=O)NC(=O)C(C)C(C)CCC(=O)O)C(O)CNOCO	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66255	C[C@@H]1C=NC(=C2C=C([C@](O)(C[C@H](O)C(=O)O)N[C@H](C=CCC[C@@H](O)CO)CO)CC=C2O)C(=O)O1	TargetDiff	5ISZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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