Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66286	CCC(NC1C=C(O)CC(S([O])([O])NC(=O)C(C(=O)O)C(C)N)C1)C(C)OC	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66287	O=C(O)C1CCCCC(O)(O)CC(O)CC(O)C(O)C(CO)NCC1	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66288	CC(O)C1=C=C2C=C(S(N)([O])[O])C=CN2/C=C(\CC2CCCCN(C)C2)NNc2cccc(c2)C1O	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66289	NC(=O)C(CO)CC1=CC2=C(CC(CC(N)CSS(N)=O)C(=O)O)C=CC=CC2=CC1	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66290	O=C(O)CC1C#CC(P(=O)(O)O)CC(=O)NC(=O)C2CC(O)C1O2	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66291	CC(=O)N(C)C(=O)C1CCC2(O)C(O)C(O)C(O)C2NC(=O)CC(C(=N)N)CNN1	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66292	CC(=O)NC(=N)C(=O)O[C@@]12CC[C@@H](C)[C@@H]1C[C@H](C[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](N=C[C@H](O)[C@@H](O)CO)OCC(=O)O)C2	TargetDiff	4ZB6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66293	CC[C@H](C)[C@H]1N=C2C=CC=C(OCP(O)O)C2[C@@H]1N=C(C)N(C)CCCO	TargetDiff	4ZB6	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66294	CC12C=CC3=C4C5C(=NC6=C(C=C(O)CC6)N5C(CC(CCCO)C1)N42)C=C3	TargetDiff	6G36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66295	O=C(O)c1cc(C2=C(Cl)OCC2)cc(C2CCNC2)c1	TargetDiff	6G36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66296	COC1=C2C(=O)C3CNCCC4C3=C2CC(=C1O)CC(O)C(O)C(=O)NC1CC4CC1(O)CO	TargetDiff	6G36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66297	N=C1N=CN=CC1C(=O)N=C1CC(=O)NC(=O)[C@@H]1[C@@H]1C[C@](N)(O)[C@H]1O	TargetDiff	6G36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66298	COc1nc(OC(O)C(O)COCP(=O)(O)O)nc2oc(=O)ccc12	TargetDiff	6G36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66299	N=C1N=CC(C(=N)NCC2CCCO2)C=N1	TargetDiff	6G36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66300	CC1NCOC2CCCC(c3cccc(C(O)CN)c3)=CN12	TargetDiff	6G36	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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