DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66271 O=C1C2CC3CCC4C5C=CC=CC5=NC(CO2)C4C3C1O TargetDiff 6GNM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66272 CCC(CC)C1(C)C(C)CC(=O)C(C2CCC34C(=O)CCC3CC2CC4(C)F)C1F TargetDiff 6GNM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66273 O=C1Nc2ccccc2C23CCCC(O)(CC2C1=O)C3 TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66274 N=CN=C1c2ccccc2[C@H](C(=O)O)N1N TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66275 OC1=CCC=CC1c1ccc2cccc3c2c1CCC3 TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66276 CC1=C(O)C2NCC3=C2C(CCCC3)C(=N)N1 TargetDiff 6GNM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66277 CC1=CC(S(O)(O)O)C(O)=C2C1CC(C)c1ccccc1NN1CCCC(=O)C21 TargetDiff 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66278 Cc1ccc2c(c1)-c1cc(CCC(C)C)cc3ccc4c(c13)C2NS4([O])[O] TargetDiff 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66279 OC(C(Cl)C1CC(F)CC2CC3=C(CCC=C3)CCC21)C(F)(F)F TargetDiff 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66280 NS([O])([O])C1=CC=C2CCC(O)=C2C1O TargetDiff 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66281 CC1C2CC3C(CC2C2=C4CC(O)C(O)C(=O)C4CC4CNC1C24)C(=O)C(O)(O)C3O TargetDiff 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66282 CC(=O)N=C[C@H](C=CC=C[C@H](C)C(=O)O)C(=O)Nc1ccccc1C TargetDiff 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66283 O=C1C(O)CC(=S(O)O)C(O)CCNNC2=C3C(CC2)CCN3CN1c1ccccc1 TargetDiff 5ULN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66284 COC1C(F)=CCC(C(O)C(N)=O)C1C(C)=N TargetDiff 5ULN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66285 CC(C)N=CN(C1=CC(CO)=CC2C=CC=CC12)c1cccoc1=O TargetDiff 4ZB6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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