DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66211 CCCC1OC(C(O)CO)C(O)C1(N)c1cccc(NOC(OC)C2=CCC=CC2)c1 TargetDiff 5M17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66212 COCC(O)CC(OC(C)(C)C)C1(O)C(C(C)O)OC(CCOC=N)C1(O)O TargetDiff 5M17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66213 CC1C(C(=O)F)C(O)N(C(=O)CN)C(C)(C2=Cc3ccccc3N=CC2)C1O TargetDiff 5M17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66214 O=C1CC(CO)C(O)C(C2C=CC=C(Cl)C=C2)O1 TargetDiff 5M17 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66215 CC(O)(O)CC1CC(C(=O)N2CCCOCC2)CN1.NCC(F)F.O=C=CC=O TargetDiff 5M17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66216 O=C(O)CC12COC1C(O)C(O)C(O)C(c1ccc(O)c(O)c1F)C2 TargetDiff 5M17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66217 O=C(O)C(CO)OC1(O)COC2(CO)C(O)C(O)CC2C1CCF TargetDiff 5M17 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66218 O=C(O)C1NC2C=C3CCCC3=CCC2N1 TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66219 C[C@@H]1[C@@H](O)C=C2C3=CCCC=C3CN2[C@@H]1C=CC(F)(F)F.OC(O)O TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66220 O=C(O)C1C(O)=C(O)CC(C2NNC3CC=CN=C32)C1O TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66221 N=C1N=NC(OC2CC(N)=C(C(=O)O)CC2O)=NC1=N TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66222 OC1C(O)(O)CC(N2NC3=C4C(=NCC3)NCC42)CC1(O)F TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66223 N=C1N=CN(C2OC(O)(O)C(O)(C(=O)O)CC2O)C(=N)C1=N TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66224 NC1C(C2Cc3cnc4c(c3N2)CCN4)CC1(O)C(=O)O TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
66225 N#CNCCCCC(O)C(N)(O)C(=O)O TargetDiff 6MKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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