DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66166 C/C1=C/C(C)C(O)(C(C)(C)C)C/C=C(\C)C2C=Cc3nc4c(nc3C2OCC1)=NC(=N)N=4 TargetDiff 5ZA7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66167 NC(=O)C1Cc2ccc(C3C=C4C=CCC=C4C(=O)N3)cc2C1 TargetDiff 5ZA7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66168 C[C@H]1CCC2=CC(=CC(=N)N=NN)C=CC=C2C(=O)NC1=O TargetDiff 5ZA7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66169 O=P1(O)C=CC2=C(C(c3ccccc3)C3=C(NC(Cl)C3)O2)C1O TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66170 CC1CC2N=CC(P(=O)(O)O)C(=O)C2C1 TargetDiff 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66171 O=C1NC=CC2CCC3CC(c4ccccc4)N(O)C3=C12 TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66172 NS([O])([O])C1=CC(F)C(OCCO)=CC1 TargetDiff 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66173 CC(C1C2=C(C(F)CC(O)(O)CC2)C(F)C2=CC3CCCCC3CC21)C(O)(O)O TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66174 NC1C2=C(CCC(O)C(O)C2O)CC1c1ccccc1 TargetDiff 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66175 CC(O)CNc1ccc(C(=O)O)cc1 TargetDiff 6G3Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66176 O=C(O)C1C(=O)O/C2=C/CCCN(O)C(c3ccccc3F)COC21 TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66177 CCC[C@H]1CN[C@@H](S(N)([O])[O])CC(C)C1=CC(C)=O TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66178 CC1=C(C)C(C(C)CC2CCC(C)CC2)C(O)C(O)C1 TargetDiff 6G3Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66179 NC(C1=CC=CC2C1CC(=O)C(O)C(O)C2c1ccccc1)C(O)(F)F TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66180 O=CC1C(=O)OCN=C1F TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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