Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66136	CC1=CC2C=C(C(O)C(O)P(=O)(O)O)SC2=CC1	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66137	CCC(=Cn1c2c(c3cc(F)c(OC)nc31)C[C@]1(O)C[C@H](O)[C@](C)(O)[C@H](C(=O)O)C[C@@H]1C2)CC	TargetDiff	5T19	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66138	O=C(O)CCCC1CCOC2=C1CC(O)(C(=O)O)CC2	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66139	CC=C1C=CC(C(=O)[C@@H](C)P(=O)(O)O)C=C(OC)C1O	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66140	O=C(O)OC1(O)C2=C(C(O)c3ccccc3O2)C(O)C1O	TargetDiff	5T19	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66141	CCC1CC(=O)OCC2=C1OC1CN3C(=O)OC(C(O)C(=O)OCCO)C3CC21	TargetDiff	5T19	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66142	CC1(CCc2ccccc2)CCC(N2CN=C3NNCC3C2=O)O1.[O]P([O])OP(=O)(O)O	TargetDiff	6JDL	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66143	N=C1N=CC(OC(=O)C(O)C(CCS)OC[P](=O)OP(=O)(O)O)C(=O)N1	TargetDiff	6JDL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66144	N=C1CC(OC2OC(COP(=O)(O)O)CC(O)C2O)=NC(=N)N1	TargetDiff	6JDL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66145	O=c1cnn(CC2COC(CP(=O)(O)O)O2)cn1	TargetDiff	6JDL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66146	N=C1NC=CCC2=C1CN2C1OC(O)(CCOP(=O)(O)O)C(O)C1O	TargetDiff	6JDL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66147	Cc1cccc(OP(=O)(O)O)c1.O=C1C=CC(C[C@H]2NCC3N=CNC=C32)C=CC1N=CCCO	TargetDiff	6JDL	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66148	CN1NC(CC(O)C(CCOP(=O)(O)OP(=O)(O)O)C(=O)O)c2nccnc21	TargetDiff	6JDL	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66149	CC1CCC(=O)C2=C(CC(C(=O)Nc3ccc(F)cc3)N2C2CCC(O)C2)O1	TargetDiff	5DX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66150	CC1C=CC(C)(NC(=O)/[C]=C2/C=CC=CC2C2CCCC(CO)N2)C=C1	TargetDiff	5DX4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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