Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66106	CCC(C)N1C2=CC(O)C(C3=NCC(OC)N3C)=NC2CC(O)C1C	TargetDiff	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66107	CC1=CC=CC(NC(=O)NCC[C@@H]2C=NN=CC2=C2C=CCC(C)=C2)C=C1	TargetDiff	5DFP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66108	CCCCNC(=O)CC1OC2C3COC(=O)N=C3C(OCCC3C=CCC=C3)=CC2c2ccccc21	TargetDiff	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66109	Cc1cc(Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)ccn1	TargetDiff	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66110	CCCCC(=O)N=C1CC=C2C[C@H](C3COC(C)C3)C(=O)C2=C1C(=O)O	TargetDiff	5DFP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66111	CC1=CC=C2CC(CC3C(CCC(O)C(O)C(N)=O)=CCC(O)=C3O)CC(Cl)CC2C1Cl	TargetDiff	5DFP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66112	CCC1N=CC(C(C)Oc2cccc(OC)c2)=C2C=C=C(C)C(=O)CCC21	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66113	CC(CC1(C)C=CC2CCC1(C(C)C(O)C(CCCCC1CCCC1)OC(=O)O)C2)C(C)(C)O	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66114	CC1C=CC=CC(C2C=CC(O)C(C(F)(F)F)C=C2)N1C(=O)C1CCCOC1C1C=c2cc(N(O)[P](=O)O)c(F)cc2=NN1	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66115	CC[C@@H]1[C@@H](C(C)=O)C[C@H]([C@H]2O[C@@](C)(CO)[C@H]3OC(=NC(=O)c4ccc(C(N)=O)cc4OC)N(C(=O)CC(F)(F)F)C[C@@H]23)N1F	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66116	CC1=CCC(=O)c2nc(/C3=C/C(CC4C=NC(C)N(C)C4=O)/C(C)=C\CC(F)(F)C3O)ccc21	TargetDiff	6S4N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66117	CC1CC2C3=C(CC(=C=C(C#Cc4cccnc4)CO)C3C1(O)O)N1CC=CC(=O)C21	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66118	CC(=O)N(CC1(C)CCCC2CCC(C)CC21)C1CC(O)C(CC(=O)O)C1	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66119	CCC1(O)CCCC(CC2(O)C3C4=CC5=C(CCC(=O)O)CC(CC6C=CCC(CC(=O)O)C6)C5C3OC2(C)C(C)C4)CC1	TargetDiff	6S4N	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66120	CC1=CC(=O)C2=C(C1)C1CC(c3ccc(C(=O)O)cc3O)CC3CCOC3C1CC2	TargetDiff	6S4N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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