Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66061	CC(CO)C(=O)NC1COC(CO)C1C(=O)OO	TargetDiff	4ZEI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66062	NC(=O)c1ccc2c(c1)C(C(=O)O)C(O)C(O)C(O)CO2	TargetDiff	4ZEI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66063	COCC1C=CCC(C2CC(C)C(NC3CCC(CC(C)C)C3)C2)C1.OC(Cl)Cl	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66064	CCCCc1ccc(C=C2C[C@H]([C@@H]3CCO[C@@H](O)C[C@@H]3[C@@H](C)[C@@H](CC)N=CC[C@@H]3CCC([C@H](C)C(C)C)=CC3=N)CN2)cn1	TargetDiff	5MO8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66065	CC(CC=O)CCCCC1=CC=C2CC(CC(C)(C)C3CNC(C4=NC5=CC=NC(=N)C5N4)O3)CC2C1	TargetDiff	5MO8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66066	CC(C)[C@H](C)CCCCCCC[C@H]1CC[C@@H](CCC=CC(=O)O)C1	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66067	CC(C)C=Nc1ccc([C@@H](C)[C@@H](NCC2C=C(O)C(C3C=CC(=CCCC(=O)O)C=C3)C(F)=C2)C(=O)O)cc1O	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66068	CCCc1cccc(OCC2CCCN(C(=O)CC(C)(C)CCCC3CC(=O)NN3)C2)c1	TargetDiff	5MO8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66069	C1=CCCCC1.CC(C)CCC1=CC[C@H](CCC2[C@H](O)CCC[C@@]2(C)N=C(NCO)[C@H](O)c2ccc(CC(C)C)cc2)C=N1	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66070	CC.CCCCCCCNC1C(=N)N(CCCCCCCC(=O)O)OC(CC(O)CO)C1O	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66071	CC(C)CCCCCC1=CC2N=CC(c3ccc(Cl)cc3)CC2=NC(=O)N1	TargetDiff	5MO8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66072	CC(C)=CCCC=C[C@@]12CC[C@@H](CC(O)(O)[C@H]3C4CC5=CCCC=C5N4[C@@H]3CCCN([O])[O])O[C@@H]1CC2.Cl.Cl	TargetDiff	5MO8	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66073	CN1C(O)C(=O)NC(O)(O)C2CCc3ccnc(=N)cc3C#CC21	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66074	CC(O)C(CO)(CN1CNC2=NC(=O)CC=C21)C(=O)O	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66075	CC(O)(O)[C@H](CF)[C@@H](O)[C@H](C1=C[C@@H]2NCC2=NC1)C1CNC(=CO)N1	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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