Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66076	NC(C(=O)O)C(CC1CC2C3C(=O)CCN3C3CCCC3N2C1)C(=O)O	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66077	NC(C(=O)O)C(O)C1=CCc2ncncc2C1	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66078	CC(C)OC(=N)C(O)(C(=O)O)C1CC2C(=C3NCNC4=C3N2CO4)C(=O)O1	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66079	CC(O)(C(=O)O)C1CC(N2CCc3nccnc32)C1O	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66080	CCCC1=C2C(=O)N=C(C(N)=O)C=C2CC1CC(CF)C(O)(C(F)C(F)F)[P](=O)O	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66081	NCc1nncc2ccc(CC(CC3NCCC3O)C(=O)O)cc12	TargetDiff	6MLN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
66082	CC(CC(c1ccccc1C(=O)O)C1N=CCC=N1)CN1NSC2=NC(C)N=CC21	TargetDiff	5VCZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66083	CCC(O)=C1C(=C2NCNN2)C(=O)c2c1cnc1ccc(N)cc21	TargetDiff	5VCZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66084	CC1=CCC=NC1CC1c2c(O)ccc3c2C(c2cncnc2-3)C2CCCN12	TargetDiff	5VCZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66085	COc1ccc(C)cc1OC1Cc2c(C)nc3c(c4c(=O)c(OC)cc1c2-4)CCO3	TargetDiff	5VCZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66086	O=C1/C2=N/CCC=C=C(O)/C=C(\C(O)F)Cc3cnc4c(c3)C3=C(C2)C1C(O)=CN=C3C4	TargetDiff	5VCZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66087	C[C@@H]1C2=CCC=CN2[C@H](C(=O)O)CN1C=C1C=CC(Cl)C=C1	TargetDiff	5VCZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66088	N=C1C2=C3C4=C5C1N=C1C=CCC=C1N5CCC(C4)CC1(O)C4C(=O)C(O)C1C(CCC4O)C3CN2	TargetDiff	5VCZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66089	O=C(O)N1C2=C3CC(Nc4ccc5c(n4)C1Cc1ccccc1-5)c1ccnnc1NC3=NC2.c1ccccc1	TargetDiff	5VCZ	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66090	O=C(O)CC1C2CC3CCC3CCC3(O)CC2C2C(C(O)C4C(=O)C5CCCC3C5C42)C1C1CCCCC1	TargetDiff	5VCZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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