Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66091	CCN1C2=CCC=C3C=CC4=C(C32)C2C1OOC1C3CCCCC(C3)CC(CO)C1C1CCC4N12	TargetDiff	5VCZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66092	CCC1=CCC(C2C=C(C(=O)OC)CC=C2Cl)C(Cl)=C1	TargetDiff	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66093	CC(O)C1CCC(C2Nc3cccc(c3)OCC3C(C)NC4=NN=C(c5ccccc5)C(O2)C43)O1	TargetDiff	5J86	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66094	O=C1COC2=CC(CC2S(O)(O)O)C(NC2=C=CCC=C=CC2)C(=O)NCO1	TargetDiff	5J86	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66095	CC(O)C1=CC=CC(O)C(C2CC(N3CCCN3)C3=C2C=CC=CC3)=C1	TargetDiff	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66096	Cc1ccc(C2=C=C(C(C)O)CC(S(O)(O)O)=C=CC2C)cc1	TargetDiff	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66097	CCCCOC1=CC(C(=O)O)C(NC)C(C2CC3CC=C(F)C=C3C2C(=O)O)=C1	TargetDiff	5J86	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66098	CN1c2ccccc2CC1C(O)(C(=O)O)N1Cc2ccccc2C2CN=NC(=N)C2C1	TargetDiff	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66099	CC[C@H]1C=c2c(O)cccc2=CC1=NC(=NC(=O)C[C@@H](C)C(=O)O)OC	TargetDiff	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66100	CCC1Cc2c(NC3C=C4NC5=CCC=CC=C5N4C(=O)C3O)cc(O)c(O)c2C=C1C	TargetDiff	5J86	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66101	CCOC1=NC(=O)[C@@H]2C(=C1)C1CN(O)C(=CC3=NC(=O)[C@H](C)C=N3)[C@@H]1[C@H]2C	TargetDiff	5J86	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66102	O=C1Nc2ccc(O)cc2CNCC[C@H]1CCC(O)=CC(=O)N1CCCCCC1	TargetDiff	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66103	ONC1=NC(OCNC2C=CC=CC=C2C2C=NC=CC2C2C=CCC=C2)CN(C2CCCC2)C1=S	TargetDiff	5DFP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66104	CCC(C)=COC1CC2/C=C\[C@H](C(=O)CN)C[C@@H](C(C)C)NC(=O)NC2=C1O	TargetDiff	5DFP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66105	CCc1ccc2c(c1)NC(=O)CC1c3cc4cncnc4cc3CCCCONCC21	TargetDiff	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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