Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66121	CC1=CC(C2CC(C)/C=C/C(c3ccccc3)C(=O)NCC(C)(O)C2)C=C(O)C1C	TargetDiff	6S4N	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66122	CCC(O)=C(CNC[C@@H](O)C(=O)[C@H]1C=C(OC)C=C[C@@H]1COC)C1C=CC=C(C)[C@@H]1C	TargetDiff	5LSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66123	CC(O)C(C(CO)CC1C=C(C2CCC(=O)O2)C(C2CCCCO2)=NN1)C(O)C(F)(F)F	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66124	O=C(O)c1cc(Cl)ccc1CC(O)c1ccc2c(c1)CC(O)=C1C=CC=CC12	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66125	CCCC(O)=CC=C(O)c1ccccc1C	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66126	C=Nc1ccc(OC)cc1NC(=O)NCc1c(O)cc(Cl)cc1F	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66127	CCC(F)C(C)C(O)(F)C(O)CCC(C)N(CC(C)CCO)c1ccc(F)c(O)c1	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66128	CC1=CC(F)C=CC1NC(CC1C=NC(=O)N=C1Cl)=NC(=O)C[C@H](CC(=O)O)[C@@H](CC(=O)F)S(O)(O)O	TargetDiff	5LSG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66129	COc1sc(OC(C)C)c(C)c1CCCc1ccc(O)cc1C(=O)O	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66130	COc1cccc([C@@H](C2=CC(=C(F)F)CC=C2)[C@H](O)CO)c1	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66131	[O]S([O])(NC1C=CC(Cl)C=C1NC(=O)O)c1ccc(O)cc1	TargetDiff	5LSG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66132	COc1cc(F)cc(C(=C=C(O)P(=O)(O)C(O)C(=O)O)C(N)=O)c1	TargetDiff	5T19	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66133	O=C(O)C(=CC(CO)CO)c1ccc2nc3n(c2c1)CCC3	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66134	CCC1=C(C2OCC(=O)OC(=O)C2O)CC(CNCC(C)C)N1	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66135	O=C(O)CC(O)(O)C1CCC(=O)N2c3ccccc3OC12	TargetDiff	5T19	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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