DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66181 CC1C(=O)N=C2N=C(C(O)(F)NO)C=CN21 TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66182 NS([O])([O])C1CC(Cl)=C(NC(F)C(=O)O)C1 TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66183 NC(=O)C(=O)CC1=CC=C2C(OC(=O)C3OC45CCC(CC4C23)C5)O1 TargetDiff 5NXP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66184 CC(O)(C1CCCCC1)C1C2CCCC2C(F)C(O)C1C(=O)O TargetDiff 5NXP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66185 COC1OCC=C2C(C)CC(O)C(C(O)C(O)C(=O)F)CC21 TargetDiff 5NXP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66186 NC(C1CCC2CCCCCC21)S(O)(O)O TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66187 OC(C1=CCCOC1)C1CC2CCC(S(O)(O)O)CC(CS)C2C1 TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66188 COc1ccc(NC(O)(C(Cl)OC(F)C(F)(F)F)N2CC3CCCC3C2=O)cc1 TargetDiff 5NXP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66189 Cc1ccn(N2CCC3C(C2)c2nc4c(nc2C3C(O)CO)CC2=C4C(C)NC2)c(=O)n1 TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66190 N=c1nccc(C2NN(c3ccc4c(c3)OCO4)c3ccccc32)cn1 TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66191 NC1=C(NC2CC(O)C(OP(=O)(O)O)O2)C(=O)C=CC1O.O=P(O)(O)O TargetDiff 4ZME ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66192 COc1ccc(C(=O)C(C(=O)O)C(C)O)cc1 TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66193 CC1CNC(=N)C(=N)N1c1ccccc1 TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66194 CC(C)c1ccc2c(c1)OC(C(=O)NC1=NC(=N)C3C=CNN=C13)C2(C)CF TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66195 CC1(C)N=C(c2nccnc2CN)NC1C1OCC2C(O)=CCC=C21 TargetDiff 4ZME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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