DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66046 CCC1CSC(C(C)c2ccc3c(c2)CN(C2CCC=CO2)O3)=C1F TargetDiff 5KHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66047 O=C1c2c3c4n(c2C=C2C=CC=C(Cl)C12)CC(C(O)(F)CCCC(F)F)C4C(=O)C=C3 TargetDiff 5KHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66048 CCC=CO[C@@H](Cc1cccnc1)C(=C=C1C=CCC=C1)C[C@@H](CNC1=NC(=O)CC1)[C@H](O)CN=C(C[C@H]1CC=COC1)[C@@H]1CCCO1 TargetDiff 5KHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66049 Cc1cnc(C(C)C2=CCC(Oc3ccc(C(C)C)cc3)=CC2)nc1 TargetDiff 5KHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66050 CN1C(=O)CN=C1C(O)CC1CC2CC(C3CCCC3)NC2C1 TargetDiff 5KHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66051 CC(=Cc1ccncc1)[C@@H]1C[C@@H]2O[C@H]3Cc4cccc(O)c4[C@@H]3[C@@H](O)[C@@H]2C[C@@H](O)[C@H](O)C1=NC(=O)CCCO TargetDiff 5KHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66052 CC(F)(F)C1(F)NC(O)(c2cccnc2)N=C2C=C(N3CCCC(Cc4ccncc4)CC3)C(F)=CC21 TargetDiff 5KHM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66053 CC(O)Cc1cccc(O)c1C(=O)NC1CC(OO)CC(C(O)O)C(O)C1 TargetDiff 4ZEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66054 [O]S1([O])CCOC(C(NC(O)(O)COC(O)CO)C(O)c2ccccn2)N1 TargetDiff 4ZEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66055 OCC1CC2OC1CC(O)C(CO)C2NC1CC2CCCCC(C2)C1 TargetDiff 4ZEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66056 NC1C(O)C(O)C(O)C1C1CC(C2=CC(CCO)=NCN2)NC1=O TargetDiff 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66057 CC1=CC(C)=C(O)C2C1OC(=O)C(C(=O)CCCC(OO)C1CC(O)CCO1)C2CC(=O)O TargetDiff 4ZEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66058 N=C1NCC=NC1CCN TargetDiff 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66059 CC(C)(C)Nc1ccc2c(c1)C1CCN3CC(C4OCCC4O)C(C(O)C(NO)CO2)C13 TargetDiff 4ZEI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66060 O=C1NC=C=C/N=C\COCC(O)C(O)C2OC(CC(O)C2O)C2C=CC1C=C2 TargetDiff 4ZEI ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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