DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66616 CC1CCC2(CO)CC(O)CC(O)C12 TargetDiff 4NSB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66617 CC(O)(O)CCc1cccc(CN)c1 TargetDiff 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66618 CNC(=O)C1=CC=NC(C)C=C1 TargetDiff 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66619 Cc1cccc2c1COC(=O)C2 TargetDiff 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66620 O=C(O)CCCC(=O)O TargetDiff 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66621 CCN1COC2=C3C(=C=C4CC=C(Cl)C(O)=C4C(O)(O)CC31)CC=C2 TargetDiff 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66622 O=C1CNC2=C(CC(Cl)C2)C2Cc3ccccc3CC(=O)N12 TargetDiff 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66623 Cc1cccc(OC(CO)C(C)C(=O)O)c1CCC(C)(O)CCCC1=CCCCO1 TargetDiff 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66624 O=C(O)C1CCC(O)N1C(=O)C(C1=CC(O)=CCC=C1)c1ccccc1 TargetDiff 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66625 O=C(O)c1ccccc1C1=NC2=C(CC(O)C(O)C3CCC(O)C3)C=CC=CC2N1 TargetDiff 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66626 OC1=C2C=CC(Cl)C=CC2=C2C=CCC=C12 TargetDiff 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66627 CC1CC(=O)N(CCC2COCC2C(=O)NC(=O)OC2(O)OCC3C=CC(C=N3)CC(=O)N/C=C3/CCCN3CC3CC4=C(OC2O3)N(C=O)C(C2C=CC(C(F)C(F)(F)F)C=C2)C4)C1 TargetDiff 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66628 O=C(O)c1cc(Cl)cc2c1C=C(F)C(C(F)(F)F)C=C2 TargetDiff 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66629 OC1C2CCc3cccc4ccc(c(c34)NC2)C2C=CC=CC2OC(O)(O)C(O)C2CC1N2 TargetDiff 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66630 CC=CCCN1C2=C=CCC=C=C(O[C@@H]3C=CC=CC(C)=C3)[C@H]2C(O)[C@@H](CO)[C@H]1N(C)C(C)=O TargetDiff 5DEY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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