DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66676 O=C1NC(C(OC(O)(CO)C(O)C(O)CC(C(=O)O)C(=O)O)C(=O)O)CC2CCOC2O1 TargetDiff 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66677 O=C(O)C1(O)OC(c2ccc(F)cn2)C(O)C1(O)CO TargetDiff 4OCQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66678 COC1CC2=C(C1)C1NC(=O)C(OC)c3nc(-c4c(C)ccc(O)c4O)n(c31)N2 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66679 CC(C)CCC1NC2=CC(C(C)(C)O)c3ccccc3C2N=C2C=CC=CC21 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66680 CC(O)/C1=N/C#COc2cccc3c2C=C(C#C/C=C\CCN1)C1=C(F)CC(=O)N13 TargetDiff 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66681 CC1=CC2C(=O)N(C)CCCC3CC(O)CC4(C3)OC(CC(O)C4C)CC3(O)CC(C(C)C(=O)O)C(=C1)C2C3 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66682 Cc1cc(CC2Nc3nccc(C(=O)O)c3C2c2ccccc2F)ccc1O TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66683 CC1=COC2C(C)C(O)C3CC4C5CC(C(=O)C6C7=C(CC64)NNC7)C(C)C4CC1N2C4=C35 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66684 [O]S1([O])NC2=CC(=CC=CC2)n2c(=O)oc3ccc(cc32)N2C=C=C3C(C=NCC31)C(=O)NCCC2 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66685 C1CCNCC1.CCC(C)(C)C1CC(C2CNCCC2C(=O)O)C2C(C(=O)c3ccc(O)cc3)C=CC3C(C)=NC(=O)C1N32 TargetDiff 6OLX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66686 COc1ccc(F)c(O)c1OCC1CCC(NC2=CC(N=C=O)N=CC(C)=C2)=N1 TargetDiff 6OLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66687 CC1=C2CC(CO)C3=CN=CN=C(N1)C32 TargetDiff 4MRZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66688 Cc1ccc2c(c1)C(=N)C1=C3NC(C)CC3CC1=C2 TargetDiff 4MRZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66689 CCC=CC1=C=C(N)[C@H](O)CCN1 TargetDiff 4MRZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66690 CC1=CC=c2sc3c(c2C1=O)CC(C(=O)O)C(C)N=3 TargetDiff 4MRZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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