Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66661	Cc1c(C)c(N=C2CCCC2)c2c3c1CO[C@@H]3[C@H]1[C@H](CC(C(=O)O)[C@@H]1C)C[C@H](C)CCO2	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66662	CC(C)C(C(C)(O)O)C(C)(CO)C(C)C1C/C=C\CC2(C)C(CCCC(CO)C2C)C1	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66663	CC(O)C1COC2CC(C3CC4OCCC4C4C(C(C)C(C)CCOS(N)(O)O)C(C)(C)C(C)(O)C4C3)CC21	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66664	CC1C(C(O)CC2Cc3ccccc3CCN2)=CC=C(S(O)(O)O)C1O	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66665	NC(=O)CCC1C(S(O)(O)O)=CC=C2C3=CCC=CC3=C21	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66666	CC1C(O)C(F)C2C(O)C1OCCC(C)(O)CCC1OCC(C)(C)CC1(C)C1CC3CCC4CCC(=O)C5CCC3(C2C1)C45O	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66667	CC(CC(C)C(O)C(O)C(O)C1C2C3CCOC(C)C3C3CCC(C32)C1C1C(O)C(C)CC1(C)C)CC(C)(O)OO	TargetDiff	5NXO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66668	NS([O])([O])S([O])([O])c1ccc(C(=O)N2CCC(O)CCCCc3ccccc32)c(F)c1	TargetDiff	5NXO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66669	CC(O)C(O)(O)CC(O)(CCO)CC(=O)O	TargetDiff	4OCQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66670	O=C(O)C(O)C(O)CCO	TargetDiff	4OCQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66671	O=C(O)C1CCOC(CCO)C1O	TargetDiff	4OCQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66672	OC1C(O)C(O)(F)c2cccnc2C1(O)O	TargetDiff	4OCQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66673	C[C@H]1OOC(=NP(=O)(O)O)N2[C@H]3CCC[C@@H]3C[C@H]2C(O)(O)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](OO)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O	TargetDiff	4OCQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66674	O=C(O)CC(O)P(=O)(O)O	TargetDiff	4OCQ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66675	CCC(O)(O)C(C)C(O)C(C(O)C(F)(F)F)N1CCC2=CCC=N/C2=N/C(=O)C1	TargetDiff	4OCQ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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