DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
66646 [O]N([O])C1CCC2(O)N(Cc3ccccc3)CC(c3ccccc3)N12 TargetDiff 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66647 [O]C1=C=C2C=CC=C3C(=O)CC(c4cccc5c4N1C(=O)C5)C23 TargetDiff 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66648 C=C(C(=O)O)c1ccccc1NO TargetDiff 5E2K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66649 CO[C@@H]1CCC(=C2C=CC=CC3=C2[C@H](C)C[C@H](CN)C3)C1 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66650 CC(O)C1CC2C3=C4C(=CCNCC4C2C1)C(C(=O)O)C3 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66651 NCNC1CN2CNC3CC(CCC(=O)O)=CC1=C32 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66652 ClC1C=CC=CC2C1C=CC1=NNC=CC1C2CN1CCCCC1 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66653 Nc1ccc2c(c1)CCN2c1ncnc2c1NC(=S)NC(=O)N2 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66654 CCC1=CCC2CCC3=NC(=N)C(CC)C1=C32 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66655 O=C(O)C1CCN(C2C(=O)N=Cc3cnccc32)CC1 TargetDiff 6GUE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66656 CCCCN1CCN2Cc3c(cc4c5c(cc6cc(O)ccc64)NNc35)C12 TargetDiff 6GUE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66657 COC1CC2=C=C3C(=O)C=Cc4cc5c6c(cc(=O)n(c6c43)NC2=C1C(C)O)CC=C5 TargetDiff 6GUE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66658 CN=C1CC2=CC3=C1NN=C1CC/C(=C4/N=C(CCCNC2=O)NC4=O)N13 TargetDiff 6GUE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66659 CC(COCCC(O)CC1CCC(C(C)(O)C(=O)O)C1)OC1CCCN1 TargetDiff 5NXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
66660 COC1=CC(F)C=C(N2CC3(O)C4C2C2C=CCC=C2C2NC(=O)C(F)(C24)C3F)C1 TargetDiff 5NXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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