Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
66631	CCCCCOC1N=CC(C2=CCC=C(Cl)C2O)C=C1OCC	TargetDiff	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66632	CC(=O)O.CC1C(=O)N=CC[C@@H]1[C@@H]([C@H](O)C(=O)N=C1C=C(F)C=CC1)[C@@H](O)[C@H]1OCN[C@H]1[C@H](O)CO.CC=C1N=CC(CO)=C(C)[C@H]1Cl	TargetDiff	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66633	CCN1CC(C2NC(O)(O)C3N=C(N4CNC(=O)N=CC4Cc4cccc2c4)C(C)(O)C3N)CN1	TargetDiff	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66634	CCC(O)c1cccc(C(=O)OCC2COC=C(C3CCCCCC3NC3=CCN=CC3C3CCC4CCCC4N3)C2O)c1	TargetDiff	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66635	CCC1CCC2CCCCC2C1CC1CC(O)C2C1OCC1C(CO)CC(C)C(C(O)P(=O)(O)O)C12.CCN	TargetDiff	5DEY	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66636	C=CC(Cl)=C[C@@H]1Cc2c(C3C=CCC(N(C)C)=N3)cccc2S([O])([O])CC[C@@H]2C(=O)NCC=C12	TargetDiff	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66637	CC1=CCC(=N[C@@H]2OC3C[C@@H](C4C=CCC=C4)[C@H](C(=O)O)[C@H]3[C@H]2N2CC3=C(CC2=O)OC(C)C3)C=C1	TargetDiff	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66638	CCC1/C(C)=C(/Cl)C(CC(C)C)C=C=C(CC(=O)Nc2cccc(O)c2)NC1C(=O)NCC(CO)c1ccccc1	TargetDiff	5DEY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66639	CSCC(=O)O	TargetDiff	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66640	CC(C)(C)N(C=O)C(=O)CC(Nc1ccccc1O)c1ccccc1	TargetDiff	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66641	CC(C(O)(O)CC(N)=O)C1(C)CC2CCC1CC2	TargetDiff	5E2K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66642	O=C(CF)c1c(C(F)(F)F)c(F)c2n1C1C3=C(CC=CC32)CC(=O)N1C(=O)CO	TargetDiff	5E2K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66643	NS([O])([O])C1=CC2CCN3CCC4CC(Cl)C(=C1)C2C3C4	TargetDiff	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66644	O=C(O)C1C=C2CCC3OC4=C(O)CC=C1C4=C23	TargetDiff	5E2K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
66645	O=P(O)(O)C1=CCC2C=CCC=C2C(=Cc2cnccn2)C1	TargetDiff	5E2K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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