DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67546 CN(CO)C1C(O)=CCC=C1C(N)C1CCC2(NCC3OCCC32)N1 TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67547 O=C1CN(C(CN2C=CC(O)=CC2CO)C2CC(O)C(O)C2O)C2=CCC=C(O)C12 TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67548 CCON1NC(OCC(C)(N)O)CC1C(=N)NC1COCCN1 TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67549 COC1CNC2=C1c1cccnc1C2N TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67550 CCC(NO)C(=O)c1ccccc1 TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67551 CCN1CCC2OC(O)C3CC(C)OC3CC(=O)c3cc(ccn3)C2CC1 TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67552 CCC(=O)OC1OC2CN(C)OC2OC1c1ccccc1CO TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67553 CCCNCC(C(=O)C1CCCO1)c1cccnc1 TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67554 CN=C(C)NC(=O)N=C(C1C=CN2CCCC2=C1)N(CO)c1ccccc1C TargetDiff 5TJN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67555 CC1NNc2c(Cl)ccc(C(=O)O)c21 TargetDiff 5TJN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67556 CC(CO)NC(=O)Nc1cccc(CCNC(=N)C(N)C(=N)N)n1 TargetDiff 6NDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67557 CC(=O)[C@H]1CCC(=CN[C@@H](C(=O)O)c2ccc(CCCC[C@@H]3C=CC(=O)NC(=N)N3)cc2)O1.c1ccccc1 TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67558 Cc1ccc(NCN(O)Cc2cccc(COc3cc(C)c(O)c(C)c3)c2)cc1 TargetDiff 6NDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67559 CC(=CCC=C1NCN(CP(=O)(O)O)N1)[C@H](C)O.C[C@@H](O)C(=O)O TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67560 C[C@H](C(C(=O)O)C(=O)O)N1CC2=CCC(Oc3ccc([C@H]4C=CCC=CC4=NCC(=O)CC(=N)N)cc3C(=O)O)=C[C@@H]2C1 TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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