DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67561 CC(C)N(NCC(=O)NCCC(CN)CP(=O)(O)O)C1=Cc2ccncc2CC1.CCCC TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67562 CN(C)C1=NNC(=NCCC(O)(O)C2=CCC=C(OCCN3CC[C@H](O)C3=O)C2)C1 TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67563 CC(NO)C1=CC=CC(C(=O)c2cccc(CNCCC3=CC(C(=O)O)C=NC=C3)c2)C=C1 TargetDiff 6NDL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67564 N=C(NCC(O)C(O)C(OC1C=CC2N3CC=NCC3CNC2(O)N1O)C(O)CO)C(=N)NC1=CC(C(=O)O)C(N)C(=O)O1 TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67565 O=C(NC1=CC=C=C(C(F)(F)c2cccc(OO)c2)[C]=C1)C1=CCC=CC1 TargetDiff 6NDL ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67566 CC(NCCNCc1ccccc1)C(=O)N1NC2=CCC=C3C=NC=CC1=C32 TargetDiff 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67567 CCCC1CC(CCCC2OC(F)C(OC3=CCC=CC3)C2=O)C1 TargetDiff 4P5Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67568 CC(O)=C(C)C1CN=C(N[C@@]2(O)CCC[C@H](CNCc3cc(C)ccc3C)C2)O1.NC(N)=O TargetDiff 4P5Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67569 CC1CN2C3=C(CC(F)CC4CNC34)c3ccccc3CC2OC1(O)CNC(=O)C1CCCC1O TargetDiff 4P5Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67570 Cc1ncnc(C(=S)NC(=O)C[C@@H](C)N=CCCc2ccccc2)c1C=N TargetDiff 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67571 CC1C2CC(C3C(=O)Nc4ccccc4C4=C3OC(NO)C4=O)C1CC2OC1=NC(NN)=CC2CCCCC12 TargetDiff 4P5Z ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67572 COc1cccc(COC2CC(ON3CCc4ccccc4-c4c3cc(O)c(O)c4O)CC2F)c1 TargetDiff 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67573 CCC1C(=O)N=CC2=C1CCC2c1cncc([C]2N=C3Cc4ccccc4C(=O)NN3N2)c1 TargetDiff 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67574 CC1=CC(=NC(=O)N[C@H]2C[C@H]3C[C@H](c4cc(CO)ccc4F)OC3=N2)OC1 TargetDiff 4P5Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67575 CCC1CC2CC(O)CC(C)(O)C2C(C2(C)CCCC(=N)C(C)C2)C1 TargetDiff 5L7H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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