Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67621	CC(=O)NC(C)(O)C(O)C1(O)C2CC(C(F)(F)CO)CC2CC1(F)C1CCC(O)C(C)(O)C1O	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67622	NOC1=CCC(=C(CC(C=O)CC(CO)CO)NC(=O)C(=O)O)CC1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67623	CC1=NC(C(=O)O)C=C(C2=C=C3CCC(NCO)C3C(O)C(NC(O)C(=O)O)O2)C=C1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67624	CC(C)C(O)(O)CCN(C(=O)O)C1=CC(CC(O)C(=O)O)C=C(C(O)CO)C1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67625	CC(C(=O)O)C(O)C1CC(C(=O)C2CCCC(=O)NCC2)C2=C1OCC2	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67626	C#COC(CCC(F)(F)F)CC(=O)NC(=O)CCCC(=C=C(C)CO)NOCC1=CC=CN2C(=O)NCC12	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67627	COCCC(OC(OCO)C(=O)O)c1cncc(P(N)(=O)O)c1	TargetDiff	2Z3H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67628	CC1(C)C=C(O)C(O)C(CC(Cc2ccncc2)CC(O)C(CC2=CCC=CC2)C(=O)O)C(C(F)(F)C(C)(F)CO)C1O	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67629	CCC1C(=O)CC(C)CCC1C1CCCC1	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67630	CCC1CC(C(C)(C)O)C(O)C2C(O)=C(C)C(=O)CC12	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67631	O=C1C=C(F)C=CC2=CCC3=C(C12)C1NCCC1O3	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67632	O=C(O)[C@@H](C(=Nc1ccccc1)NC1=NCCCNC1)c1ccccc1	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67633	CC1C=CC(C2N=C(C3CCCC3)N=CC2(C)C)C=C1CN	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67634	CCCCN1CC2CC3=C=C(C4C=CC=C(F)C4CC2C(=N)NC1=O)C(C(C)C(C)C)C=CC3	TargetDiff	4OGJ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67635	CC1CCCCC(=O)C1C1OCC2C=C3C(CC1C2)C(O)C1CCOCCC31	TargetDiff	4OGJ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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