DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67636 CC1CC2C/C=c3/ccc(O)c/c3=C\C3C4c5ccncc5C(=O)N4C4CC(C1)N2C34 TargetDiff 4OGJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67637 COC1C=C(O)C(C)C=C2c3ccccc3CC21 TargetDiff 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67638 CC1=CCC=C2NC3=C(CCN3)C(NO)C3(O)CCC3OC12 TargetDiff 4OGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67639 CC(=N)N1C=CC(=NO)[C@@H]2CC([C@H]3[C@@H](O)CC(=O)N3Cc3nccnc3C)=N[C@@H]3CCC=CC3=C21 TargetDiff 6N78 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67640 CCC1N=CC2=C/C1=N\CC(C)C1CC(C(=O)O)C=C=C3CC=CC(OC2)C3N1 TargetDiff 6N78 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67641 CCC1CCCC(C)CC2(C)C(C)C(CC)C(CC)C2C1 TargetDiff 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67642 CC(O)C1=NC(=N)NC(c2ccccc2C(=O)C2C=CCC=CC2C(C)c2ccccc2CO)C1 TargetDiff 6N78 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67643 CC.O=C(NC(=O)C1C2N=C(N3CNCC3=O)C(=O)C2CN1CCO)c1ccccc1 TargetDiff 6N78 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67644 CC(O)C(O)CN1CCc2cc(Cl)cc(NNC(=N)CN3CCS([O])([O])C3)c21 TargetDiff 6N78 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67645 CC1=CC2CC(C(C)(O)Cc3ccccc3)N(CCc3ccc(O)cc3F)C3CCC(C=C1)C23 TargetDiff 6N78 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67646 CC1C(C(=O)O)CC(O)C2(NCCN2)C(=O)NOC2CC(O)CCC2C(C)C1(C)O TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67647 N=C1C(NO)C(=O)CC2C3C4OON5C(=O)C(O)=C(CC=C=CCN(C(F)F)COC(C4O)C3OCO)CC5(O)N12 TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67648 COC(=O)C1C(C)=CC(C2OC(=S)NC2=O)CC1CO TargetDiff 5Z99 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67649 CCCOC(=O)C1OCCCNC(C)(O)CC(C(C)O)C(O)C(O)C1O TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67650 CC1OC(C)(C(=O)O)OC(C(CCO)C(O)CO)OC1O.O=C(O)O TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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