DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67681 CCOc1ccc2c(c1)C1CCC2(C)CCCC(O)C#CCCN1C TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67682 NCCCCCC(c1ccccc1)N1CCC1S TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67683 CC1CC(NCC2=C(C(=O)O)C=CCC=C2)C(CCCCCC(O)CO)C(C)N1C(N)=O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67684 CCc1cccc(C(C(CC)CC(=O)O)C2CC(C(=O)O)CN2)c1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67685 COC1OC2C3CCC(C(O)C3)C(C)(N(C)C)C(O)CC(C)C3=CC(C=CC=C3)C12 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67686 NCCC1=CC2C(=CC1)N1CC=CC=NC1C(N)C2NCCC(CC1C=C(Cl)C=C(Cl)C1)NP(O)O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67687 CCCC(C)NC(=O)C(CCC(O)C(C)CCC(C)C)CC(=O)O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67688 CC(CCC(C)NC(C)C1CC(=O)NO1)CC(=O)O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67689 CC1CC(C2(C)C(=O)C3C=CN(CO)C(C)C32O)CCC1C1=C(O)CC(O)=CC1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67690 CCOc1ccc(CN(C)C(=O)N2C3=C(CCC3)C(C=O)C2CC)cc1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67691 CCC1=C(OC2=C(O)C(O)c3ncncc32)NC(Sc2ccc(O)cc2C(C)C(=O)O)C1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67692 CC1(C)C(=O)C(C(=O)O)C1OC(O)C1(C)OC(C(O)CCCCCCC(=O)NO)C(O)C1O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67693 CC(=O)CC1(O)CCCCC(O)C(O)CCN1c1cccc(NC(=O)CO)c1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67694 CC1OCCC1C1C=CC(N)C(C(CC(=O)O)N2CCCC2)=C1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67695 CCC1=C=CCC(O)C=C=CC(C)(O)C(C(C)CO)CO1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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