DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67696 CCC1=C(C(=O)O)CC(O)=C1OC(C)CO TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67697 OCC(O)C1CC2=C3COc4ccccc4OC3=C(O)C(F)C2OC2CC3OC(C1CO)C(O)(O)C3C2CO TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67698 CC(O)C1(O)CC(O)C2OCC(C)(CCC(=O)O)CC3(O)CCCN1C23 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67699 CC(=O)OCC(CCCCC1CCCC1)c1ccc(C)cc1C TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67700 CC1CCC2CCC(CCC3=NC(=O)C(=O)CC3)CC(CO)C3CC(C(O)C3O)C2C1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67701 OCOCCCOC1(O)CCC(C(O)(O)CO)C1CC(O)CC1CCC1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67702 CC(CCCCCC1CC(O)(CCC(CC(=O)O)C(O)CO)C(CO)C(=O)C1C)C(=O)O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67703 CC1(C2OCC(C3N=CCN=C3NC3C=CCC=C3)O2)C(O)C2C(O)C(N)S(O)(O)N21 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67704 NC(=O)C1COCCC(O)(Cc2ccc3c(c2)OCO3)C1Cc1ccc(F)c2c1OCO2 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67705 COc1ccc(C2C=CC(F)(F)CC2=C=C2C(O)CC(OC)C2O)cc1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67706 COC1=CC(C)C=CC1C1CC2CCCC(O)C(C)C(C)(CC2)C1C(C)CCC(=O)O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67707 CC(OCCOCC1OCC(=O)O1)C1CC(C)(CCN)C(CO)CO1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67708 C=[SH]CCN(CNC1CC(C)C(C)C(C)C1C(O)(O)CC)C1C=CC=CC=C1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67709 NC(=O)CCCC1OCCOCC(O)C(CO)OC1(O)C(N)=O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67710 CC1C(O)C(C2CCCC2)C(CC2C=CCC=C2)C(CC(O)(CO)CO)C1S(O)(O)O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

67696 to 67710 of 73725 items. Total 4915 pages.