DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67711 CNC(=O)C1CC(=N)C(Cl)(C2=C(C3=CCC=CC3)C3CCN2C(C)(N)CC3=O)C1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67712 COC1CNNN1C1C=CCC=C1O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67713 CC(CCCO)C(C)C(O)(O)c1ccc2c(c1)CSC2=N TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67714 CC1CCOCCC1C(=O)NCNC1CCC(C(O)C(O)CC2CCC(=O)N2)O1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67715 CC(C)CC#CC(C)(C)C1CC2OCC2C(O)(CO)C1C TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67716 CC(C)OC(=O)C1CCC(CC2COC(N3C(=O)C(=O)N(C)C3=S)C(O)C(O)(O)C(C)C2)C1 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67717 NCCC(O)(O)C(CCCCO)NC(=O)O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67718 O=C(O)CCNC(=O)CCCC(O)C(O)C1C(O)CC(O)(O)C1O TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67719 NC(=O)C1CNC(=O)C1C1CCN(O)CCCc2ccccc2NC(CC2CCC(N)C2)O1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67720 CCC(O)(O)NC1C(OCC(C)OC)C=CCC1C1CC2OC3SCC3OC1C2(O)O TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67721 CC1CC(=O)OC2(C)C(C)C(C(CO)CCCC(=O)O)C(C)(O)N2C1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67722 CC(CCC1CCC2C(O)CCCC12)CC(C)C(C)CO TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67723 CCC(CO)C(=O)C1=CC(S(O)(O)Nc2cccc(C(C)C)c2)CC=CC1 TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67724 CN1C2CCC1C(C)(O)C(=O)NC(=O)C1=CCC=C(OC3CC(O)CO3)C1CNC2 TargetDiff 4M7T ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67725 CC1=CC(CC(=O)O)C=CC1CC1=CCC=CC1C TargetDiff 4M7T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

67711 to 67725 of 73725 items. Total 4915 pages.