DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67771 CC(C)n1c(=O)sc2c3cc(nc21)CC/C(F)=C(/F)CCC(=O)NCCC(C1C=CC(N)C=C1)/C=N/3 TargetDiff 5OM7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67772 Fc1cc2c(cc1Cl)NC1CCN=C(CCC3CC(C4C=CCN=C4)C4=CCC=C(OC2)N43)C1 TargetDiff 5OM7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67773 CCCc1cc2ccccc2c2c1CC1=C3NNN=C(C)C4=C3C(CC=C4C)C12 TargetDiff 5OM7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67774 CC1CN(C(=O)c2cccc(Cl)c2)C2C=CC(O)=CC2O1.CCCCC TargetDiff 5OM7 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67775 Cc1ccc(NC2=CN(CO)C3=C(CCC3)C2)cc1 TargetDiff 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67776 O=C(N=C1CN=C(Cl)C(CNCO)=N1)c1ccc(Cl)cc1 TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67777 COC1C=CCC(N2CC3C4=C(N3C2=O)N2C(C)C(C(C)N)C2C4O)=C1 TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67778 CCCCC(Cc1ccc(NC(=O)NC(=O)CN2COC(CC3=CCC(=N)O3)C2)c(C)n1)N1CCCC(O)C1 TargetDiff 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67779 CC1CCCN(C2=NC(Nc3cc(CN)ccn3)=C(CO)C2)C1.Oc1ccccc1 TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67780 CCCCO.O=C1N=C(c2ccncc2)C=CC1=CC[C@@H]1CC[C@@H]2Cc3cccc(F)c3N12 TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67781 O=C1CC(Oc2ccccc2O)CN1C1CCC(F)(F)C1 TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67782 CCCCCCCC1CC=C2C(C1)C(O)CC1C(CO)C3CCCC3(O)C21 TargetDiff 4W9H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67783 CC1=NCC(NC2=N[C]3c4ccccc4C(=O)N32)=CC1C.CCl TargetDiff 4W9H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67784 Cc1ccc2c(c1)CCC(NC1=CC(=O)C3C(=CC=CC3C)C1=N)=CN2 TargetDiff 5FTG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67785 CC1=CC=C2COCc3cncc(c3)CC(O)C(C3COC4CC5=CCC(F)=CC5CCN4C3=O)C1C2 TargetDiff 5FTG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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