DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67831 CC1=CC(C=C2[C@H](OC[C@H]3COC(=O)ON3C)[C@H](OO)C(O)(O)[C@H](O)N2C)C=CC(F)C1 TargetDiff 3W9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67832 OCC(O)C(O)CC1c2cccnc2CC1OC1CCc2ccccc21 TargetDiff 3W9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67833 CC1=CCOC2CC3C(C)C4C(C=C(CC(=O)O)C5=C(CCC5)C4(O)NC(F)F)C3C12 TargetDiff 6E4A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67834 O=C1CCOC2C3=CCC4CC5(C=CCC=C5)CC5C4=C3C(CC12)N5O TargetDiff 6E4A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67835 CC1=CC(O)=C(C)CC1.CCCON1C(=O)NC2=C(C)C3=C(OCO3)C21 TargetDiff 6E4A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67836 CN(C=O)Cc1ccccc1 TargetDiff 6E4A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67837 O=C(O)C1=CC2CCCC(Oc3ccccc3)C=C2CC1=O.OCO TargetDiff 6E4A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67838 CC1=CC(NC2=CC=CC(=C3C=CCC=C3O)C=C2)CS1.NC(=O)O TargetDiff 6E4A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67839 COC(Nc1cc(F)cc(C(C#N)C2CCCCCC2=O)c1)OC(C)C TargetDiff 6E4A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67840 CC12C=C(c3ccccc3)C3CCCC3C1C(C1=NC3=C(F)CC=CN13)C2=O TargetDiff 6E4A ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67841 CC1CC2=C(CC(C(=O)N3NNC4=C5CCCC5CC43)C=C2)N1 TargetDiff 6E4A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67842 O=C(O)C1C2CC3=C(CC4C=CCC5C(O)CC1C5C42)OC(F)C3F TargetDiff 6E4A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67843 CC(=O)O.O=C(O)C(CO)CCO.O=C(O)C1CCCC1 TargetDiff 6FH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67844 NC1C(=O)OC(CCO)CC1O.NCCCC1OCC(CCCOP(=O)(O)O)O1 TargetDiff 6FH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
67845 CC(=O)NCCC(=O)O.CC(C)CCCC(O)C(O)CNC1C(O)CCC(O)(O)C1C(=O)O.NC1CCCCC1O TargetDiff 6FH3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

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