DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67876 CCCC=C[C@@H](Cl)C(CC)CC TargetDiff 6OQD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67877 COC1/C=[C]/C(C=NC2CCS([O])([O])CC2)=C=CCC(O)/C=C\C2C=CC(F)C=C/C2=C\C=C=CC1 TargetDiff 6OQD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67878 CCCCC1C2=C(CC(OC)C2)N2C(=O)CSc3c(C)c4cccccc-4c3C(=O)C12 TargetDiff 6OQD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67879 CC1=C2CCOC3C(=O)C(Nc4ccc(F)cc4)C(Cc4ccccc4)=CC(=C23)C1 TargetDiff 6OQD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67880 CC1=CC=CC2C(=C1)CC=CC2(Cl)NC1(c2ccc(F)cc2)CCN(C(C)(F)F)C1=O TargetDiff 6OQD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67881 CC1=C[C@H](Cl)C(=O)C(=NC(=O)c2ccc(F)cc2[C@@H](O)CCO)C1=N TargetDiff 6OQD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67882 C1CCOC1.O=c1cccc2c(c1)C1CC(c3cc(CO)ccn3)C1N1CCOC2C1 TargetDiff 6OQD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67883 CCOC(=N)NC(=C=C1C=CC(Cl)=CC1)Oc1cccc2c(F)cccc12 TargetDiff 6OQD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67884 CC(C)C(=O)N1CCC2(CCc3ccccc3F)C(F)OC(C(F)(F)F)C12 TargetDiff 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67885 COc1ccc2c(c1)C(=O)N1CC3=C(CC(F)C3)OC3C=C4OC(C)(C)CC4C=C3OC1CC2 TargetDiff 4W9P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67886 COC1C=CC(CN2C=CCCCC2)C(NS([O])([O])CC2=C(C(=O)CO)N(C)CN2)C(F)=C1 TargetDiff 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67887 CC1OCC1CC1=CCCC(CC(=O)N(C)C2Cc3ccccc3C2)C(C)C1(C)O TargetDiff 4W9P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67888 CCOC1C/C=C\C(N(Cc2ccc(Cl)c(C)c2)C(=O)O)C2C=CCC=C2OC(C)COC1 TargetDiff 4W9P ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67889 CC1C2CCC1C(=O)N(C1C=CNC=C1)/C=C\Cc1cc(cc(C(=O)O)c1)C2 TargetDiff 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67890 CC1CCC2C(O)CC3(C)OOC(=O)C(O)(CC2C1=O)C3C TargetDiff 4W9P ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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