DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67906 CCOC1OC(O)OC(CO)C(O)(CC(=O)O)C1CC(N)=O TargetDiff 4MNP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67907 CC1CC(C(=O)O)OC2(C(O)C(=O)O)C(O)C(O)C(O)C12O TargetDiff 4MNP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67908 O=C(CCO)NCC(CC(OC(=O)CO)C(C(=O)O)C(=O)O)=[S](O)(O)O TargetDiff 4MNP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67909 O=C(O)CC(=O)OC(C(O)CC(=O)O)C(CO)P(=O)(O)O TargetDiff 4MNP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67910 CC1CC2OC(O)(O1)C(C(=O)OCCCN)OC(=O)C(O)C(CO)OC2CCC(=O)O TargetDiff 4MNP ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67911 CN1C(=O)C(O)C(O)(NC2N=C(C(O)CCCC3CCC(C(=O)O)N3)c3ccncc32)C1(C)O TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67912 CCN1CC(C2CCC(C(=O)N(CO)c3ccncc3O)C2)C(=N)N1 TargetDiff 6FUJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67913 OCc1ccc2c(c1)C(CCC1NNC3=C1CC=CC3)NC2C1C=CC=CC=C1 TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67914 O=C(Cc1ccccc1)N[C@H]1C=CC(C(C(=O)O)=C2C=CCC=C2)=C(O)C1 TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67915 O=C(O)C1C2=C(C(O)C3NC4C(NCC4(O)CO)C3C(=O)NN2)C(Nc2ccccc2)C1C1CCCCCC1 TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67916 C[C@H]1COC[C@@H]([P@@](=O)(O)Cc2c(C=NC3C=NC=C[C@@H]3CNC(=O)CCCCO)cc(C(=O)O)c(O)c2O)N1.N TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67917 O=C(CC(C1CCC2C1=NC=CC2c1cccnc1)S(O)(O)O)Oc1ccc(F)cc1 TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67918 CC(=O)COc1ccc(NCC2C=CC(C)C=C2O)cn1 TargetDiff 6FUJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67919 C=C(C=C=C1CC(C2(O)NC3C(O)COC3C2O)C2C(=O)NC(C3=CCC(N)C=C3)C=C12)C(C)C TargetDiff 6FUJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67920 CC1=C(C)C(=N)N=CC1 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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