Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67936	CC(C(=O)OC(N)c1ccccc1F)C(O)C1CC(O)C2N(C)c3ccccc3C2(O)C1	TargetDiff	4Q09	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67937	NC(CCC(c1ccc(O)cc1)N1OC2CC(O)(O)C2C2C=CC(F)C(F)=CC21)C(=O)O	TargetDiff	4Q09	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67938	CC(CC(=O)O)NC1=C(C2C=CCC=C2)C=CC(S(N)([O])[O])C=C1	TargetDiff	4Q09	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67939	C=C1CCC1CC1CC2=C(SC(CCC(F)F)C2)C(NCCN)C1	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67940	CC(O)CC(COC1=CCN=CC1)N1CCNC2C3=C(CC=CC31)CC(F)(F)C2F	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67941	CO[C@@H]1SCC(=C2C=C[C@@H](c3cnnc(C)c3)C(C(=O)NCCN)=C2)S1	TargetDiff	5SYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67942	CC1CC2CC=CC(=N)N2C1C(Oc1ccccc1F)C(=O)O.N#CN	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67943	CC1=CC2C(c3cccc(F)c3)=C3CCCC3C(COc3ccc(C)cc3)N2C=N1	TargetDiff	5SYM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67944	CCCCOC1CCN(CC(O)CCO)C2C1C(=O)C1CCC(C)C(CC(=O)O)C12	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67945	CC[C@@](N=C1CCCNCN1)(C(=O)O)[C@@H](CO[C@H]1CCOC[C@H]1c1cccc(N)c1)OCCCOC	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67946	O=C(CN1CCN2CC(CC3CNCO3)=C3CC(CCC4C=C=CCC(F)=C=C4)N3N=C12)C(O)C(F)C(F)F	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67947	CC1(O)CCN=C(NCC2CNC(c3ccc(O)cc3)C2CN2CCCC(CC(O)c3ccccc3)NCC2)CC1	TargetDiff	5SYM	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67948	CC(CC1C=C2C=CC=CC=C2OC(=O)C1O)NCC(C)C(=O)OC(C)CCCCC(=O)O	TargetDiff	5LYN	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67949	CC(=O)CCOCCCO[C@@H](OC1CCC1)C(=CO)[C@H](C)CC(C)=C(C)C[C@@H](C(=N)N)C(=O)O	TargetDiff	5LYN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67950	COC[C@@H](CCC(C)=O)NC[C@@H](O)CCCCCOC=C(C)C	TargetDiff	5LYN	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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