DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67921 c1ccc2ncccc2c1 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67922 CCN1CC(C(N)=O)c2c(O)ccc(O)c21 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67923 ON1NC2=CC=C3OCCC3=C3CCC(=C23)C(C(F)F)O1 TargetDiff 5OV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67924 COC1CC2=C3C(=N1)C1C(=O)CCC1CC3C(O)(C(C1C=CCC=C1)C(C)CN)C2 TargetDiff 5OV8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67925 CCC1CC2=C(C(=O)O)N(C)C3OC4=CCC=C5CC(=C(C23)N54)O1 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67926 CC1=C2CCCC2CN1 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67927 COc1ccc(C)c(O)c1OO TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67928 CNc1ccnc2c1CCC2 TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67929 O=C1N2C3=C(CC=CC3)N=CC2OC(F)C1(F)F TargetDiff 5OV8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67930 CNC(C)(O)C1c2cc(C(C)(C)C)ccc2N(C2CN(O)N(F)C2)C1C(=O)O TargetDiff 4Q09 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67931 CC1C=CC(NC(=O)NC(O)(O)CCc2ccccc2)C2C=CC=C(O)C12 TargetDiff 4Q09 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67932 CCCN(C)C1=CC=C2C(c3ccccc3NC2(O)O)C1C1=CC(=O)C=CC1C.[O]S([O])=O TargetDiff 4Q09 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67933 C[C@@H](C(=O)O)C(O)=C1C=C(C2=C([C@]3(C)CC=CCC3)C=CC(S(O)(O)O)C=C2)C=CC1[C@@H](C)N TargetDiff 4Q09 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67934 CC(=O)C1CCC(C=C=CC(C(N)C(=O)S)S(N)([O])[O])C1 TargetDiff 4Q09 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67935 O=C1n2c3c(c4cccnc42)C(F)=C(F)C(F)C=C3C(F)C1(O)O TargetDiff 4Q09 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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