Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67891	CC(=CC(F)(F)C1CN=C(Nc2ccccc2Cl)N1)CNc1ccccn1	TargetDiff	4W9P	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67892	CC1CC2C3OC1OC(=O)N(Cc1cccc(O)c1)C1CC(=O)C(C)C1C(O)C3C1CCC3CC(O)C2C31.NC(=O)O	TargetDiff	4W9P	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67893	CC1CC(F)(F)C(F)C2C(O)C3CC(O)(CCC4CCC(CC5CCC(N(C)S(C)=O)O5)CC43)C2CC1F	TargetDiff	4W9P	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67894	CNC(=O)C[C@@H](NC1=CCc2cccnc2N1c1ccccc1)C1NC(=C2NCCN2)C(=NC=CC(C)C)S1	TargetDiff	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67895	CN=C1C2=C(c3ccc(OOC)cc31)[C@H](N1CCN(O)[C@@H](C)[C@H]1CO)CN2	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67896	O=C1NN([C@@H]2C[C@@H](C3C=CCN=C3)c3ccccc32)C1=NC=Nc1cccnc1	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67897	COC1CCC2C(C1)C(=O)N1CCC(C)CC1C2c1ccc2c(c1)C(=O)C(C(C)OC)C2O	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67898	CCOC1C=C(OC)N=C2C=C(CC(O)c3cccc(C)c3)C3C=CC(C)C=CC3N21	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67899	CC(=O)N1CCC(N2C(=O)CC(O)[C@H](O)C2=O)=NC1=C1CN(CF)NC1=CC#C[C@@H]1CNC(=CO)C1	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67900	CCC1C=C(C2OC3=C(CC=CC3)C23CCNC3)CC=C1N=O	TargetDiff	5NDF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67901	C=NC1=C[C@H]2CC3(CCCC3)C(=O)[C@](C)(C(=CC)C3C=CC(NC)C=C3)O[C@@H]2CC1	TargetDiff	5NDF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67902	O=C(O)CC1C(O)(CO)C2CC(=O)NCC12O	TargetDiff	4MNP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67903	CCC1OC(C(O)C(O)CO)C(C(O)C(O)C(=O)O)OC1C	TargetDiff	4MNP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67904	NC1CC(OC(=O)CO)C(C(OCC2OCC(O)C(CO)C2CO)C(=O)O)C(O)C1O	TargetDiff	4MNP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67905	O=C(O)CC(O)(O)C1=CC(O)C2(CO)OC(C(O)C(O)C(=O)O)C(O)C(CO)C2O1	TargetDiff	4MNP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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