DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67816 C=NC1=NC2C(C(=O)N(C)C1C)C1=C(CCC1C)N2C1CCC(O)C1 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67817 Cc1cc2cc3c1CC3C(=O)OC1(CCCC1)Cc1ccc(c(F)c1)N1CC3C(C(=O)N([O])[O])CC4(CCC(C4)/N=N\2)C31 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67818 CCCC(C)CCCC1OC(C2C=NC(=N)C=NC2=N)=NC2c3ccccc3C=CC12 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67819 CCC1CN(C2C=C(N(C)C)CC=C2N2CCCOCCC2)/C2=C3\CCC=CC3=C=CCCN21 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67820 CC1=CC=C2CONNC=C2C1N[C@H](C)C(O)=C1C=CC=CC1 TargetDiff 5VD3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67821 CN1c2ccc3c4c2[C@@H](CC4=CC=NN3C=CNC=S)C2=C(Cc3ccccc3)N=C[C@H](C(=O)O)C21 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67822 Cc1c(C(=O)O)cc2c3c1=NC1=C4CCCC4N=C(c4ccccc4)N1C=3CN2 TargetDiff 5VD3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67823 CC1COc2ccccc21.OCC(O)C/C1=C\CC(O)C(O)C#CNC(c2ccccc2)c2cccc(c2)C1O TargetDiff 3W9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67824 CC(O)C(CC(O)c1ccccc1)C(=O)O TargetDiff 3W9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67825 CC1CCCCC1C12C(C)CC(C(=O)O)C1C(O)(O)OC(C)C2C TargetDiff 3W9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67826 CCC(O)CC1CCCC1C1C(C(O)CCC(O)CO)CC2C(C)CCC21 TargetDiff 3W9R ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67827 O=C(O)C1OC2(CCc3ccccc32)C(O)C(O)C1O TargetDiff 3W9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67828 CC(CC(=O)OCC(F)(F)F)(c1ccccc1)C1C=CC=CC=C1 TargetDiff 3W9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67829 CC1CCCC2C(C)C(=O)C(O)C(C)C12 TargetDiff 3W9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67830 CCCC1C(C)CCC1(O)C(O)C(C)(C)C TargetDiff 3W9R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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