Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67801	CC[C@@H](O)CN([C@@H](O)CN=C(CCO)N=C[C@@H]1CCC[C@H]1O)[C@H]1CC[C@@H]2[C@H](C1)OC[C@H]2CO	TargetDiff	5G61	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67802	CN1CCC(O)(O)C(=O)NC2=[C]C1=C=CC=C2C(=O)C=C1CC(CCC(N)=O)CO1	TargetDiff	5G61	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67803	C1CNCOC1.O=C1Nc2cccc(c2)C(=O)N(O)Oc2cncc1c2	TargetDiff	5G61	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67804	CC1CC2CN(N(O)CC(O)COC(C)C(=O)C3CC4N(C=C5C=CCC=C5N4C)C3)C3Cc4cc(F)ccc4NN(C1=O)C23	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67805	COc1ccc2c(c1)C(C1CC(CC(N)=O)C(O)C1N)=CC1=C(N(C)C(F)F)C3C(C)C(F)C(C)C3C12	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67806	O=C(O)[C@H]1N[C@@H](O)[C@H](CC(O)=C2N=CC=CC[C@@H]2C2=CCCC=C2)c2c(O)cccc21	TargetDiff	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67807	CC1C(Cl)C(C2C=CCC=C2Cl)CC1C(OC1=CC(Cl)C(O)=CC1)N1CC(O)C(O)C1	TargetDiff	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67808	CN(C)C(=O)CN=C1N=C(N=C2N[C@H]3CCC[C@@H]4CCC(O)[C@@H]([C@@H]2C[C@@H](CO)C[C@@H](N)C(=O)O)[C@H]3C4)CN1	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67809	CC(C)C(C1OCC2(/C=C\C(O)C(O)C(O)CCC2F)O1)C1CCCC1O	TargetDiff	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67810	Cc1cnc2c3c1CC(C1=NC4C(CNN4O)c4ccccc41)C=CN3CC2	TargetDiff	4ZW7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67811	[O]S1([O])NC(O)CC(CNC2CC3=C(CC3)C3=C2CC=CC=C3O)C2C=CCC=C21	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67812	C=NN1CCCC2CC3=C(NCC3=C)C2C1CC1CCC(C(N)C(O)CCC(OC2CC(C3CNC(=N)C3)CO2)C(O)O)C1	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67813	CCCN1CC(CN2C3=C(C(=O)N=CC3)C(O)C2N)C(O)C2C=C(F)C=CC2N2C3=NCOC=C3N/C2=N\1	TargetDiff	4ZW7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67814	CC=C1C=C[C@H]2C=C1NCOC(C)(C)C(C)CCCc1ccc(OC)c(n1)CC2	TargetDiff	5VD3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67815	COC1CC(Cl)CCC1CCCC(c1ccccc1)c1cnc2c(n1)C(C)S([O])([O])N2	TargetDiff	5VD3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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