Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67741	CNO.O=C(CCCOCOCCO)C1CCNC1	TargetDiff	4XU3	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67742	CC(=N)CC(N)CCCCCCCC(=O)O	TargetDiff	4XU3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67743	CC1C=C(O)C(CCC2CC(O)C(C(=O)OP(=O)(O)O)O2)=CN1CC(=O)O	TargetDiff	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67744	NCC1=CCCN=C1.O=C(O)CCCCCCCC(=O)O	TargetDiff	4XU3	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67745	C[C@@](O)(C[C@H](O)C(=O)N=CCC1=C[C@@H](CO)C[C@@H](OC(=O)O)C1)C1=CCC=CC1	TargetDiff	4XU3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67746	CCCCCP(=O)(O)CNP(=O)(O)NC(=O)CCC1=CCC(N)(O)C(C)=C1N	TargetDiff	4XU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67747	CC(O)(OC(=O)C(N)N)N1CCC(O)(C2C(O)C(O)C3COC(C(N)=O)C32)C1	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67748	CC(=O)O.CC(O)C(O)CC(O)C(O)C1(O)CC2C(=O)N(O)CC(O)=C2NC1C(O)NCO	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67749	CC(O)(O)CCC1OC(CC(=O)O)C(O)(CO)C(O)COC1C(C(=O)O)C1OC(=O)C(CO)O1	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67750	CCCC1OC2C(=N)NC(=O)CC2C1C(OC(=O)N1C(C)CCC1O)C(=O)O.O=C(O)CCC(=O)O	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67751	O=C(O)C1CC(O)(CO)C2C(O)CC(O)C2CC1(O)O	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67752	OC1C(O)C(O)C2(O)C(C1O)C(O)C(O)C1OC(O)C12O	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67753	O=C(O)CC1(O)CC(O)C(C(CO)C(O)(O)C(O)OCCCOCO)C(C(=O)O)C1O	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67754	CC1(O)CC2CC(O1)C(C(=O)O)OC1C(O)CC(O)C(CCO)C21	TargetDiff	4MMP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67755	CC(CC(O)(C(O)O)C(O)C(CO)CC(O)C(=O)O)C(C)C(=O)O	TargetDiff	4MMP	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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