Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67756	O=P(O)(O)C(O)C1(O)CC(O)N(c2cnccn2)CC1O	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67757	COC1C(F)=CC=CC1OC1(c2ccc(O)c(C)n2)CCC1CC(=O)N(O)C(=O)O	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67758	CC1NC(=O)C(C(=O)OC(CO)C(=O)OC(=O)C(N)CP(=O)(O)O)CCn2c3c(c4cccc1c42)SCC3	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67759	CCC1CC(=O)C2CCC(=O)C3SC(OC(C)COP(O)(O)(O)OP(=O)(O)O)C3/N=C/12	TargetDiff	6G2L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67760	CN1OC(CN2C(=S)NC3=CCC=CN3C(C(O)COP(=O)(O)O)C3=CCC=CC32)NC1=O	TargetDiff	6G2L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67761	CC1C2=C(O)CC3=C2NC2C(O)CNN(C(=O)C4=CC=C/C(=C/OP(OP([O])[O])OCC5NCCC35)C4)C12	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67762	CC1=C2C=C(O)C=C3C2N(C=N1)C(C)CC(C(N)C(=O)O)N3C	TargetDiff	6G2L	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67763	CCN(C(C)=S)C(CC(=O)O)=NP(O)O.NC1=CC=CN2CCCCC12	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67764	CC(OCCC(=O)O)C(O)CC(=O)N1CC(CC(O)C2OC(P(=O)(O)O)CC=C2CO)C(C(=O)O)C2CCCC21	TargetDiff	6G2L	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67765	CO/C1=C/C/N=C2/C(C(O)C3CCO3)CC3C(=O)n4c(C)c(C)c1c4N23	TargetDiff	5OM7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67766	CC1=C2C(=C(O)C3=C2CCC2C3COC(O)C2OO)CC1	TargetDiff	5OM7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67767	CCCC(C)Oc1ccc2c3c1CCN3c1ncc(C(N)=O)c3c1C2=C(C)C3	TargetDiff	5OM7	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67768	Nc1cccc2c1-c1c-2cccc1C1CC=C(N2CCCC2C(F)CC(F)CCO)C(=O)N1	TargetDiff	5OM7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67769	CN=C1CC(CO)=CN2C(C=CCOC)=C[C@@H]3Cc4cc(O)c(NOC(C)=O)cc4N3[C@H]12	TargetDiff	5OM7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67770	CC(C)CC1CCN2C1C(=O)C2(CF)N1C=C2CC3=C(C=CCC=C3)N2C(CCC2=CCC=CC2)CC1	TargetDiff	5OM7	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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