DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
67651 COC1C(C(=O)O)CC(C)(C(=O)O)C1CC(O)C(=O)O TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67652 CCCC(C1CC=CC(C(=O)O)=C1N1C=CC(C)C=N1)C(C(=O)O)c1ccccc1C TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67653 CC(CCC(=O)O)C(CC(O)CO)OC1CCCOCC1.OC1CCCC1O TargetDiff 5Z99 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67654 Cc1cccc(N(CCCC(N)C(C)C)C2C=CCC=C2)c1C(=O)NC(=O)NO TargetDiff 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67655 OCC1CC2=C(N1)C(N1c3ccc(OO)c(c3)CCCCCCCOC3C=NC1CC3)C(O)C2 TargetDiff 5DQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67656 COCCC1/C=C2\CC(NC(C(O)C3CCC(C(=O)O)C3)C3C=CC(CC1)C(C)=C3)C1=C2C(=O)NC(=N)C1 TargetDiff 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67657 CC(C)CC=CNC[C@H](CCCO)NCC[C@@H](O)C(C)C TargetDiff 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67658 CCC(O)C(C)CC1NCCC1OC(=O)NC(C1CCC(OC)N1)C(O)C(C)C(CCO)C1CCCC(C)(O)C1 TargetDiff 5DQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67659 CCCC[C@H](C)NC=C1C=Nc2ccccc2C1C(=O)NC[C@H](N)CC[C@H](C)O TargetDiff 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67660 CCCC1CC2CC1CC1CC(CO1)C(C(N)=O)CCC(=O)NC(CCCOC)C2CO TargetDiff 5DQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67661 CC(=O)NCCCC(N)CC1CC2=CCC(O)=CC2C(OC2OCC(CO)C2C(=O)O)C1O TargetDiff 5DQC ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67662 CCCCNCCN=C(C)NCCCC[C@H](CCCC)COc1cc(C)c2c(c1)[C@H](C)C(=O)C2 TargetDiff 5DQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67663 C1=CC2=CC=CC2C=C1 TargetDiff 4LLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67664 c1cc2c(c3c1CCC3)NNC2 TargetDiff 4LLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
67665 c1cc2c3c(c1)CCN3CC2 TargetDiff 4LLX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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