Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67591	O=C1NC2=C(C=C3CC4=CNCC(c5ccc(Cl)cc5)CC4C13)OCO2	TargetDiff	5DLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67592	CC1C(F)CNCCC2C3CCCNC(C(=O)CCc4ccccc4)=C3CC12	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67593	C=CN(CCC(C=CC1CCCC1)=CNC(=O)[C@H]1CC[C@H](N)OC1)C1=C[C@H]2CCOC2=CC1	TargetDiff	5DLX	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67594	NC(=O)c1ccc(N2C(=O)N(C(N)=O)CC2C(O)CC(=O)O)cc1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67595	O=C(O)NCc1cc(OC2(CO)CCC(O)C2)cc(C(CO)C(=O)O)c1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67596	OCC(O)C1C(C2=NC(C3CNOC3)N=C(C3=NON=C(C(O)(O)CO)C3)C2)CCCN1CO	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67597	C#COC(CCC(F)(F)F)CC(=O)NC(=O)CCCC(CC(C)CO)NOCC1=CC=CN2C(=O)NCC12	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
67598	N=C1C=CC(C2=C(Nc3ccc(O)cc3F)NC2C2=C(C(=O)O)CCC2)C=C1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67599	CC(CCC(=O)O)CCC(CC1NCCC1CO)C(=O)C1=C(F)C(C(=O)O)CN1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67600	CC(CNC(=O)CC(=O)O)CC1CN(C(=O)C(CO)C(OCO)C(=O)O)C2CN(C3C(C)C=C(O)C(O)C3C(=O)O)OC12	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67601	CC(O)C(O)CC(NC(=O)C(C)(O)C1=NC(=N)N=CC1)C1CC(C#N)CO1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67602	N=CC1C=CN2C(=C1)C(CN1CCCC(O)C1=O)N=C2OC1CC(O)COCC1O	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67603	N=C(CO)C(O)COC1C=C(CC(N)=O)C(F)=C(C2CCC(=O)O2)C1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67604	CC(C)c1cc(C(CC2C=CC=C(F)C2)CC(N)C(=O)O)cnn1	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67605	CC12OC(OC(=O)C1C1CC(NCC(O)C(=O)O)c3ccc(OF)cc31)OC2=O	TargetDiff	2Z3H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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