Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
67576	CCC(C)C1C2=C3C(CCC3C(C)(O)C2C)C2CCC(O)=C3CC=CC1C32	TargetDiff	5L7H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67577	CCCCCC1CC(O)CC(C2=CCCC(C)C2)C1	TargetDiff	5L7H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67578	CC1C2C(CC3COCN32)C2(C(=O)O)C1CC1CC=CCC1C2OC1=CCC=CC1	TargetDiff	5L7H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67579	CCC(OO)C(C(=O)C1=CCC=C(F)C1)C1CCC2CC(O)(O)C=CCC21	TargetDiff	5L7H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67580	CC1C(O)=CC2C=C1CC(=O)C1CC3=C(CNN3C(C)C(C)OC2)C2C=CC=CC2C1O	TargetDiff	5L7H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67581	CC[C@](C)(C(=O)O)[C@H](O)C1=C[C@H]2C[C@@H]3COCO[C@@H]3[C@@H]3COC(=C4CCCC4=O)[C@@]32[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H]1C	TargetDiff	5L7H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67582	CC1=CCC(C(=O)O)=C2CCC3CC(C)CC4NC(=O)C(=C=CCC(C)(O)CCCC34)C=C=C3C=CC=CC3C(=O)NC12	TargetDiff	5L7H	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67583	O=C(O)CC1CCC2C3=C(C=CC2CO)C(C(=O)O)C(O)C3C(O)C1	TargetDiff	5L7H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67584	CC1C=CC2=C3C1CCC1(CO)CCCC1C3CC2Cl	TargetDiff	5L7H	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67585	OCCC1CC(C2C=CCC=C2)C2C1CC1=Nc3cc(F)ccc3N3CCC2C13	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67586	CCOc1cc(C2(O)Nc3ccccc3C(=O)O2)cc2c1C(C)(O)CC/N=C(C)\N=C/2	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67587	CCCN1CCN2CNC3C=C(/N=C4/CCCCC5=NC(CCC2C1)CN54)C(Nc1ccccn1)=CC3S(N)([O])[O]	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67588	CC1CC2=C(C1)C1=C3C(=C4C(O)=CC=CC4C(Cl)C34C=CCC=C4C1C)C2	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67589	COC1=CC2C3CCC(O)C3/C(N)=C\C3C4CC(C)OC5CCC6CCNN6C(=C1)C2C3N54	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
67590	CC1OC(=O)CCC(CC(F)F)CCC/C=C\CC#CO/C=C2\Nc3c1ccnc3N2Cl	TargetDiff	5DLX	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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