DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72316 CC1CC2CC(C=C3CC4CC(CCC(C)C4C)CC(O)C32)C1C TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72317 O=C(O)c1cccc(C(O)C2CCCC(O)O2)c1O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72318 CC(O)(CN1CCCCCC1C(=O)O)C1C=C2CCN=NC3CCC(=C23)N1 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72319 CCC1CC2COC3C(C)CC=CC3CCC2C(CC)C(C(=O)OC)C(C)O1 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72320 COCC(C)CC(O)CCC(C)C(C)C TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72321 C=C1C2CC3(C(=O)O)C4CC(C)C(=O)C(C14)C2C3CC TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72322 C=CN(c1cccc(C(=O)O)c1)C12C=CC(C)=CC1C(=O)N1CC(C)CCC12 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72323 CC(=O)CC(C)CCC1N=CCC=C2NC(C)C3CC(C(C)C(CO)CCO)CC3N21 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72324 OCC1=CCC(O)=CC1 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72325 COC1CC(c2cc(Cl)cc3c2OCC3)C(O)CCCCN1C(C)=O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72326 Cc1ccc2c(c1)OC1CC(C)(C)C(=O)C1CCC2O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72327 CC1C=CC=C2C(=O)C=CC(N3CCCCC3)C2C1=N TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72328 NC1C=CN2NC(c3ccccc3)C3C=CC=CC3NC2=C1 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72329 CC(O)(O)CCC1C=CC2=C(CNC2)C2C=CCC=C12 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72330 CNc1nc2c(cc1O)NC(N1CCCC1)CNC2=O TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

72316 to 72330 of 73725 items. Total 4915 pages.