DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
72346 CC1=C=C2C=CCC=CC2=C2C3=CCC=CN3N(C3C=CC=CC3C)C2=C1 TargetDiff 1DXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72347 CCC1CC(C(=O)O)N2C(=O)C3=C(C=CCC=C3)CC12 TargetDiff 1DXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72348 CCC1Cc2ccccc2C1SC1OC2CC(c3ccc(Cl)cc3)C1O2 TargetDiff 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72349 CC1=[C]C2=C=C(C=C1)C(=O)NC1C3CC(CC2C)CC3CC2(C)C1C1CCCC1N2C(F)(F)F TargetDiff 5ZYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72350 CCC(C)C1=CC(C=N)C=C2c3ccccc3C3(C=CC=C(C)C3C(C)C)C21 TargetDiff 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72351 CCc1ccc([C@](N)(N=C2C=CC(Cl)=CC2)C(OC)N(CC)CC)cc1 TargetDiff 5ZYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72352 CCN1CC(C)C2=C1C1=NC(C3COC(C)C3)C(O)(CC(C)(C)O)C(OC(=O)COC)N1C2 TargetDiff 5ZYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72353 CCC(O)CCC1CC(C)(C)CC12CCC2C1CCCCCC(=O)NCCC2N/C(=N\C=C/C1C)NO2 TargetDiff 5ZYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72354 CCN(C)CN1CC=C=C2CCCCN2c2cc(OCCC(O)C(CC(=O)CO)C(C)C3CC45CC(CCC4CCC5C(=O)F)C(C)C3C3CCCOC3)cnc21 TargetDiff 5ZYM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72355 CC1=CC(C(O)C(O)C(C)C(C)(C)O)C(NC(=C=CC=C=CC2C=CC=CC=C2)NC(=O)c2ccccc2)=CC1C TargetDiff 5ZYM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72356 CCCC(O)C(C)N TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72357 CC1CC2CC3C4CCCC4NC3C2C1CO TargetDiff 4UYF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72358 CC1C=NCC2C3CCC4SC(NC12)C3C4C TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72359 CC1=CC2NC(=S)C(=S)C2C(=N)C1O TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
72360 CC1NC2=CCC=CC2C2C(C3=NCCCN3)CCC2c2nccc(=O)cc21 TargetDiff 4UYF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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